基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1098410：条形码病毒追踪揭示星形胶质细胞与胶质母细胞瘤细胞间双向免疫抑制相互作用 [小鼠单细胞数据集]

该数据集为 NCBI BioProject 收录的小鼠单细胞转录组项目，编号 PRJNA1098410，英文标题为“Bi-directional immunosuppressive interactions between astrocytes and glioblastoma cells identified by barcoded viral tracing [Mouse Single Cell Dataset]”。从标题可知，该项目围绕星形胶质细胞与胶质母细胞瘤细胞之间的双向免疫抑制相互作用展开，并采用条形码病毒追踪技术进行识别，研究对象为小鼠，数据层级为单细胞。数据集在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据与转录组或基因表达相关。整体而言，该资源适合关注脑肿瘤微环境、胶质母细胞瘤与星形胶质细胞互作以及单细胞水平基因表达的研究者参考使用。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是脑肿瘤研究中的重点对象，其与周围细胞（包括星形胶质细胞）之间的相互作用日益受到关注。该数据集所对应的 BioProject 聚焦于星形胶质细胞与胶质母细胞瘤细胞之间的双向免疫抑制相互作用，并借助条形码病毒追踪技术对这些相互作用进行识别。项目以小鼠为研究模型，并以单细胞分辨率获取转录组或基因表达信息，为理解肿瘤微环境中细胞间通讯与免疫抑制机制提供数据基础。源站未提供该研究的具体实验背景、立项机构及研究假设等更详细的信息。

【数据内容】

该数据集属于单细胞数据集，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其内容主要涉及转录组或基因表达层面的数据。项目标题表明数据与星形胶质细胞和胶质母细胞瘤细胞之间的双向免疫抑制相互作用相关，并涉及条形码病毒追踪技术。数据以小鼠为对象，属于脑肿瘤相关研究。源站未提供样本数量、细胞数量、测序平台、文件格式、数据体积等具体内容信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 PRJNA1098410，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的资源，通常来自单一机构或联盟，并为用户提供查找该项目所生成各类数据的统一入口。本站将其归类为肿瘤 / 脑肿瘤。源站未提供具体的采样地点、时间、实验流程及机构信息。

【适用场景】

该数据集可用于脑肿瘤尤其是胶质母细胞瘤相关研究，适合关注星形胶质细胞与胶质母细胞瘤细胞相互作用、肿瘤免疫抑制机制以及单细胞转录组或基因表达分析的研究场景。条形码病毒追踪技术的应用也使其适用于细胞谱系或细胞间通讯相关的方法学参考。源站未提供具体的适用分析流程或推荐工具。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 编号 PRJNA1098410 在 ncbi.nlm.nih.gov 上查找该项目，并借助 BioProject 记录获取该项目所关联的各类数据链接。源站未提供具体的数据下载方式、预处理步骤、分析参数或软件建议。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开数据库收录的项目记录。由于源站未提供样本量、测序深度、质控指标及验证结果等信息，无法对其数据质量进行具体评估。使用时应结合项目原始记录及关联数据自行判断适用范围。源站未提供其他质量与限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关规定，并参考项目页面可能提供的引用要求。源站未提供具体许可条款。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE263613

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1098410

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤（GBM）是最致命的原发性脑恶性肿瘤。GBM肿瘤微环境（TME）中的免疫抑制是免疫靶向治疗的主要障碍。然而，我们对GBM TME中免疫调节机制的理解仍然有限。为应对这一挑战，我们开发了一种病毒条形码相互作用追踪方法，用于以单细胞分辨率分析GBM样本和临床前模型TME中的细胞间通讯，并将其与GBM临床样本和临床前模型的单细胞及批量RNA-seq分析、人器官型GBM切片培养、体内细胞特异性CRISPR/Cas9驱动的基因扰动以及人和小鼠体外实验系统相结合，以鉴定一种新的双向通讯通路，该通路存在于星形胶质细胞中表达的ANXA1与其在GBM细胞中表达的受体FPR1之间，可限制抗肿瘤免疫应答。星形胶质细胞中ANXA1的表达和癌细胞中FPR1的表达与GBM患者更短的生存期和更早的复发相关。

星形胶质细胞-胶质瘤ANXA1/FPR1信号通路的失活增强了肿瘤特异性CD4+和CD8+ T细胞应答，增加了新抗原特异性CD8+ T细胞的肿瘤浸润，同时限制了与T细胞耗竭相关的转录模块；ANXA1/FPR1信号失活还增强了肿瘤相关巨噬细胞应答。利用临床前模型和人GBM体外实验系统，我们证实FPR1抑制肿瘤细胞中的免疫原性坏死性凋亡，而ANXA1逆行信号抑制星形胶质细胞内的NF-kB和炎症小体激活。总之，我们开发了一种新的条形码方法，以单细胞分辨率分析临床样本和临床前模型中TME的细胞-细胞相互作用，并利用它鉴定了一条双向ANXA1–FPR1星形胶质细胞-GBM通讯的新通路，该通路促进免疫逃逸和癌症进展。总体设计：单细胞RNA测序数据集，其中包括

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别