PRJNA1077981：倾向神经-间质混合型胶质母细胞瘤细胞抗治疗且依赖核输入_scRNAseq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1077981

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：尽管进行了广泛的研究努力，胶质母细胞瘤（GBM）仍是一种预后不良的致命疾病。虽然先前的研究已鉴定出GBM肿瘤内的多种细胞状态，但常规治疗诱导的适应性GBM细胞可塑性的分子机制仍不清楚。方法：我们使用针对前神经（PN）和间充质（MES）亚型的荧光报告基因，在多个患者来源的细胞系中实时监测GBM细胞可塑性。这种方法揭示了同时表达前神经和间充质标志物的细胞。为了研究这一独特的杂交群体，我们实施了一种综合的方法学策略，包括批量及单细胞RNA测序、单细胞ChIP测序、核蛋白质组学、高分辨率成像、原位小鼠模型、临床数据集分析以及药理学和遗传学技术。这种多层面的策略使我们能够获得对这一独特细胞群体的功能和分子层面的见解。结果：我们发现这些杂交细胞在常规治疗后增加，并且对这些治疗具有耐药性。

在分子水平上，杂交细胞表现出染色质结构和核蛋白组成的显著改变、转录活性升高、Myc激活以及核质间运输改善。对杂交细胞中增强的核输入/输出穿梭机制进行遗传学和药理学抑制，可有效抑制GBM细胞适应性可塑性和杂交身份，从而增强GBM细胞对治疗的敏感性。结论：我们的结果表明，GBM杂交细胞在放化疗耐药中发挥关键作用。核运输机制为杂交细胞提供了一个潜在的治疗靶点，为对抗GBM中常见的治疗耐药提供了一种途径。总体设计：通过bulk RNA测序对MGG4和MGG8分选杂交细胞进行基因表达谱分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。