基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

胶质母细胞瘤原发与复发配对样本多维分析揭示小胶质细胞FCGR1A（CD64）及其他FCGRs促进肿瘤复发[测序]

该数据集为 NCBI BioProject 收录的测序项目（ID 1068630），英文名称为“PRJNA1068630: Multidimensional analysis of patient-matched primary and recurrent glioblastoma identifies microglial FCGR1A (CD64) and other FCGRs as contributors of tumor recurrence [seq]”。项目聚焦配对的原发与复发胶质母细胞瘤，通过多维分析探索肿瘤复发的分子机制，涉及小胶质细胞 FCGR1A（CD64）及其他 FCGRs 在复发中的潜在作用。数据集归属于肿瘤 / 脑肿瘤分类，主题标签为转录组或基因表达，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录本身是围绕某一专项研究计划汇集生物数据的入口，便于用户从单一位置找到该项目产生的多种数据类型。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是中枢神经系统常见的恶性肿瘤，复发问题长期困扰临床治疗。该 BioProject 以配对的原发与复发胶质母细胞瘤样本为研究对象，试图从多维角度揭示肿瘤复发的分子机制。项目名称明确指出，研究关注小胶质细胞中的 FCGR1A（CD64）以及其他 FCGRs 在肿瘤复发中的潜在贡献。这一背景决定了数据集的核心价值在于支持复发机制研究，而非单纯的肿瘤分类或诊断标志物筛选。源站未提供更详细的研究背景说明。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。项目名称中的“[seq]”提示数据通过测序技术产生。BioProject 记录作为数据入口，汇集了该项目产生的多种数据类型，但源站未提供具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、基因表达矩阵或差异表达结果等细节。因此，无法从现有信息中确定数据的具体规模与内容构成。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是生物数据集合的登记系统，其记录来自单一组织或联盟发起的专项研究计划。该项目的编号为 1068630，英文名称已明确指向配对的原发与复发胶质母细胞瘤样本。源站未提供样本采集地点、患者队列信息、伦理审批细节或测序服务提供方等具体来源信息。

【适用场景】

基于项目名称与主题标签，该数据集适用于胶质母细胞瘤复发机制的研究场景，尤其是涉及小胶质细胞 FCGR1A（CD64）及其他 FCGRs 功能的探索。研究人员可利用该数据比较原发与复发肿瘤的转录组或基因表达差异，寻找与复发相关的分子特征。此外，该数据也可用于方法学验证、生物信息学流程测试或与其他胶质母细胞瘤数据集的整合分析。源站未提供具体的适用场景说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1068630）访问该项目，并利用记录中提供的链接查找该项目产生的多种数据类型。由于 BioProject 本身是数据入口而非直接的数据下载页面，用户需根据记录指引跳转至相应的数据存储或分析平台。源站未提供具体的数据下载步骤、分析工具推荐或使用教程。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库收录的登记项目，其数据质量依赖于原始研究的数据提交与审核流程。然而，源站未提供关于数据完整性、测序深度、样本配对准确性或批次效应控制等方面的具体信息。此外，项目名称中提及的 FCGR1A（CD64）及其他 FCGRs 的贡献属于研究结论，用户在使用数据时应结合原始研究文献进行判断。源站未提供质量评估报告或限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的通用引用规范，并参考原始研究发表文献。源站未提供具体的引用要求或许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE254145

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1068630

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

引言：胶质母细胞瘤（GBM）是一种致死性脑肿瘤，目前尚无有效的治疗方案。本研究旨在刻画肿瘤免疫微环境（iTME）的纵向变化，以寻找潜在的可干预靶点，从而阻止GBM诱导的免疫逃逸机制。本研究纳入了15对患者匹配的初治（原发性，pGBM，WHO 4级）和复发（rGBM）IDH1野生型肿瘤。方法：分别从匹配的pGBM和rGBM新鲜冷冻肿瘤样本中提取RNA和蛋白质，通过转录组学和蛋白质组学进行分析。配对的福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本用于空间转录组学分析。结果：pGBM与rGBM之间的差异表达基因和蛋白质涉及突触发育和髓鞘形成相关通路，这些通路已被证实参与GBM复发。通过将患者分为短复发时间（STTR）和长复发时间（LTTR）两组，并将TTR与基因表达进行关联分析，我们检测到与肿瘤复发正相关或负相关的基因。

FCG受体和补体系统基因（如FCGR1A（CD64）、FCGR3A（CD16a）和补体C3）的表达与STTR呈负相关，而参与DNA甲基化的DNMT1/3A和SMARCA4的高表达与LTTR呈正相关。对由GFAP表达定义的肿瘤细胞区室进行的空间转录组分析显示，在rGBM的复发性肿瘤中少突胶质细胞比例富集，而CD64阳性髓系细胞区室则显示静息态小胶质细胞向激活态转变、B细胞出现，以及伴有STTR的复发性肿瘤中巨噬细胞比例减少。结论：我们的结果揭示了表达CD64的髓系细胞（主要是激活的小胶质细胞）在GBM复发中的作用，并提示干预这些细胞可能代表一种预防GBM复发的新治疗选择。总体设计：该数据集包含基因表达

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别