PRJNA1022417：基于下一代RNA测序鉴定miRNA panel作为胶质母细胞瘤诊断生物标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1022417

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

应用下一代测序技术，我们对比了6例原发性胶质母细胞瘤（GP）患者肿瘤组织样本与6例低级别（I-II级）胶质瘤患者瘤周区域的miRNA表达模式，后者作为对照组。为了明确胶质母细胞瘤与对照组在miRNA表达水平上的差异，我们使用iDEP 96软件对两组样本各6个重复的NGS数据集进行了聚类分析。为了表征上调或下调的程度，我们利用iDEP.96网络工具，采用DESeq2算法计算了log2FC值。在此基础上，通过分析，以错误发现率(FDR)<0.05且倍数变化>2为阈值，鉴定出117个已知miRNA存在差异表达。其中，与对照组样本相比，组织样本中有35个miRNA上调(log2FC > 2)，82个miRNA下调(log2FC < -2)，具有生物学相关性。为了验证NGS获得的结果，我们选择了五个上调的miRNA：hsa-miR-196a-5p、hsa-miR-21-3p、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-10b-3p、hsa-miR-503-5p以及三个下调的miRNA：hsa-mir-383-5p、hsa-mir-490-3p、hsa-mir-1224-3p进行RT-qPCR分析。

结果，与对照样本相比，hsa-miR-196a-5p、hsa-miR-21-3p和hsa-miR-10b-3p显著上调，而hsa-mir-383-5p和hsa-mir-490-3p显著下调。另外三种miRNA：hsa-miR-1224-3p、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-503-5p在对照组与GPs之间未显示显著差异。总体设计：组织样本采集自六名诊断为低级别（I-II级）胶质瘤患者的瘤周区域，作为对照组，以及六名GBM患者。两组中的所有样本均经组织病理学确认。这些术中快速冷冻组织样本保存于-80⁰C直至进一步处理。从GBM和对照组的组织样本中分离总RNA。全局转录组

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。