胶质母细胞瘤单细胞图谱、细胞间通讯与肿瘤结构整合数据
该数据集整合了胶质母细胞瘤（IDH野生型）的单细胞图谱资源，核心GBmap协调了16个数据集、110名患者、超过33万个细胞；通过迁移学习扩展为26项研究、240名患者、超过110万个细胞
基本信息
资源简介
胶质母细胞瘤单细胞图谱、细胞间通讯与肿瘤结构整合数据
该数据集整合了胶质母细胞瘤（IDH野生型）的单细胞图谱资源，核心GBmap协调了16个数据集、110名患者、超过33万个细胞；通过迁移学习扩展为26项研究、240名患者、超过110万个细胞。覆盖基底节、脑、前脑、额叶、顶叶、颞叶、枕叶等组织，包含10x、BD Rhapsody、CEL-seq2、Drop-seq等多种测序平台。可用于解析肿瘤微环境组成、重建细胞图谱、研究细胞间通讯与肿瘤结构，支持胶质母细胞瘤的细胞分类与微环境分析（来源 cellxgene.cziscience.com）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：为了解析肿瘤微环境的组成并重建异柠檬酸脱氢酶（IDH）野生型胶质母细胞瘤（GB）的细胞图谱，我们创建了“GBmap”，这是一个经过整理的资源，其核心整合了16个数据集，汇集了110名患者，涵盖超过33万个细胞。通过迁移学习，我们用另外十个数据集“升级”了我们的图谱参考（扩展GBmap），其中包括我们自己分析的GB组织，最终形成包含26项研究、240名患者和超过110万个细胞的集合。疾病：胶质母细胞瘤。组织：基底节、脑、前脑、额叶、左额叶、左顶叶、左颞叶、枕叶。检测方法：10x 3' v2、10x 3' v3、10x 5' v1、BD Rhapsody Whole Transcriptome Analysis、CEL-seq2、Drop-seq。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。
【主题与分类】
主题标签：glioblastoma。本站分类：肿瘤/脑肿瘤。
【获取与许可】
源站页面：https://cellxgene.cziscience.com/collections/999f2a15-3d7e-440b-96ae-2c806799c08c
下载信息
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数据集获取
源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/999f2a15-3d7e-440b-96ae-2c806799c08c
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为解析肿瘤微环境的组成并重建异柠檬酸脱氢酶（IDH）野生型胶质母细胞瘤（GB）的细胞图谱，我们创建了“GBmap”，这是一个经过整理的数据资源，其核心整合了16个数据集，涵盖110名患者，涉及超过33万个细胞。通过迁移学习，我们用另外十个数据集“升级”了我们的图谱参考（扩展版GBmap），其中包括我们自己分析的GB组织，最终形成了一个包含26项研究、240名患者和超过110万个细胞的集合。疾病：胶质母细胞瘤。组织：基底神经节、脑、前脑、额叶、左额叶、左顶叶、左颞叶、枕叶。检测方法：10x 3‘ v2、10x 3’ v3、10x 5‘ v1、BD Rhapsody全转录组分析、CEL-seq2、Drop-seq。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
