大鼠小胶质细胞炎症或促侵袭极化下的开放染色质图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE123328

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小胶质细胞是脑内驻留的髓系细胞，在健康和脑部病理过程中发挥重要作用。虽然已有关于活化小鼠小胶质细胞染色质可及性的数据，但尚无针对受到不同刺激的大鼠小胶质细胞的相关数据。在此，我们报告了一套全面、可重复、经FDR控制的大鼠小胶质细胞DNase超敏（DHS）开放染色质区域数据集。我们比较了未处理的原代小胶质细胞培养物与分别用脂多糖（LPS）或胶质瘤条件培养基（GCM）刺激6小时的培养物的开放染色质景观。胶质瘤分泌因子诱导小胶质细胞向促侵袭和免疫抑制表型活化，在此状态下这些细胞促进肿瘤生长。大鼠小胶质细胞的开放染色质景观由126，640个可重复的DHS区域组成，其中分别有12，357个和2，303个区域在LPS和GCM刺激后开放性发生显著变化。活跃基因具有组成型开放的启动子，但基因附近DHS区域的累积开放性与该基因的表达之间没有直接依赖关系。

LPS调控的DHS区域在内含子中更为常见，而GCM调控的区域则更常远离基因体。GCM和LPS处理对映射到Toll样受体信号通路和轴突导向通路基因的开放染色质区域产生了不同的影响，这表明迁移小胶质细胞所使用的分子机制与生长轴突相似，而且，这些通路的调节对于胶质瘤诱导小胶质细胞向促侵袭性极化具有重要作用。我们关于大鼠小胶质细胞中活跃开放染色质区域的数据集将为该系统中转录调控的研究提供宝贵资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。