GDC MATCH-I:基因组特征 CS-MATCH-0007 Arm I

原发部位涵盖食管、皮肤、未知部位、扁桃体和鼻咽,疾病类型包括 Neoplasms, NOS、骨与软骨肿瘤、腺瘤与腺癌、胶质瘤、肌瘤性肿瘤等

gdc
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基因组分类Neoplasms, NOSOsseous and Chondromatous NeoplasmsAdenomas and AdenocarcinomasGliomasMyomatous NeoplasmsNevi and MelanomasEpithelial Neoplasms, NOSSquamous Cell NeoplasmsSoft Tissue Tumors and Sarcomas, NOS
GDC MATCH-I: Genomic Characterization CS-MATCH-0007 Arm I

基本信息

模态
基因组
大小
4887.406491542 GB
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

GDC MATCH-I:基因组特征 CS-MATCH-0007 Arm I

该数据集来自 NCI Genomic Data Commons 的 MATCH 计划,项目编号 CS-MATCH-0007 Arm I,聚焦肿瘤基因组特征。原发部位涵盖食管、皮肤、未知部位、扁桃体和鼻咽,疾病类型包括 Neoplasms, NOS、骨与软骨肿瘤、腺瘤与腺癌、胶质瘤、肌瘤性肿瘤等。共 60 例病例、1,419 个文件,总大小 4551.8 GB,包含临床、生物样本、RNA-Seq、WXS、甲基化和影像数据,并区分开放与受控访问层级,可用于肿瘤基因组与多组学分析(来源 portal.gdc.cancer.gov)。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):GDC 项目 MATCH-I(基因组特征 CS-MATCH-0007 Arm I)。原发部位:食管、皮肤、未知、扁桃体、鼻咽。疾病类型:Neoplasms, NOS、骨与软骨肿瘤、腺瘤与腺癌、胶质瘤、肌瘤性肿瘤。计划:MATCH。病例数:60。文件数:1,419。总大小:4551.8 GB。NCI Genomic Data Commons 协调的癌症基因组学项目(临床、生物样本、RNA-Seq、WXS、甲基化和影像数据;开放与受控访问层级)。

【主题与分类】

主题标签:Neoplasms, NOS、Osseous and Chondromatous Neoplasms、Adenomas and Adenocarcinomas、Gliomas、Myomatous Neoplasms、Nevi and Melanomas、Epithelial Neoplasms, NOS、Squamous Cell Neoplasms、Soft Tissue Tumors and Sarcomas, NOS。本站分类:肿瘤/脑肿瘤。

【获取与许可】

源站页面:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/MATCH-I

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使用方式

数据集获取

源站:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/MATCH-I

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 4887.41 GB。

数据说明

GDC project MATCH-I (Genomic Characterization CS-MATCH-0007 Arm I). Primary site: Esophagus, Skin, Unknown, Tonsil, Nasopharynx. Disease type: Neoplasms, NOS, Osseous and Chondromatous Neoplasms, Adenomas and Adenocarcinomas, Gliomas, Myomatous Neoplasms. Program: MATCH. Cases: 60. Files: 1,419. Total size: 4551.8 GB. NCI Genomic Data Commons harmonized cancer genomics project (clinical, biospecimen, RNA-Seq, WXS, methylation and imaging data; open and controlled access tiers).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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