儿童脑肿瘤多层菊形团胚胎性肿瘤(ETMR)表达谱
该数据集为儿童脑肿瘤中多层菊形团胚胎性肿瘤(ETMR)的RNA表达谱数据,来源于ega-archive.org。样本使用Illumina TruSeq RNA样本制备试剂盒针对多腺苷酸化mRNA建库,平均每个样本测序reads数为97.64百万

基本信息
资源简介
儿童脑肿瘤多层菊形团胚胎性肿瘤(ETMR)表达谱
该数据集为儿童脑肿瘤中多层菊形团胚胎性肿瘤(ETMR)的RNA表达谱数据,英文名称为Expression profiling of pediatric brain tumors Embryonal Tumor with Multilayered Rosettes (ETMR),归属于肿瘤/脑肿瘤分类,来源站点为ega-archive.org。数据集围绕ETMR这一儿童脑肿瘤类型的基因表达特征展开,采用针对多腺苷酸化mRNA的建库方式获取转录组测序信息,平均每个样本的测序reads数达到97.64百万,具备较深的测序覆盖。整体而言,该数据集为研究ETMR的转录组特征提供了表达谱层面的数据基础,适合用于脑肿瘤分子特征分析与表达层面的比较研究。
【数据集背景】
多层菊形团胚胎性肿瘤(Embryonal Tumor with Multilayered Rosettes,ETMR)是儿童脑肿瘤中的一种类型。该数据集以儿童脑肿瘤为背景,聚焦ETMR这一特定肿瘤类型的基因表达谱刻画。在肿瘤研究中,RNA表达谱能够反映样本中基因转录活动的整体状况,是理解肿瘤生物学特征的重要数据层面。该数据集正是从表达谱角度切入,为ETMR相关研究提供转录组层面的观测数据,其分类归属为肿瘤/脑肿瘤,便于在肿瘤研究的数据体系中定位与检索。
【数据内容】
该数据集的内容为ETMR的RNA表达谱数据,即针对样本中RNA所生成的表达谱信息。数据以RNA为检测对象,建库时针对多腺苷酸化mRNA进行制备,因此所反映的是多腺苷酸化mRNA相关的表达信息。每个样本的平均测序reads数为97.64百万,说明数据在测序深度上具有较高水平,有助于支撑表达谱层面的分析。除上述内容外,样本数量、具体基因覆盖范围、表达定量格式等细节源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于ega-archive.org。RNA的制备使用Illumina TruSeq RNA样本制备试剂盒,针对多腺苷酸化mRNA进行建库,平均每个样本获得97.64百万reads。上述信息构成了该数据集在样本处理与测序产出方面的基本来源描述。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及测序平台的具体型号等,源站未提供。
【适用场景】
基于其表达谱数据属性,该数据集适用于ETMR转录组特征的研究场景,例如对ETMR样本中多腺苷酸化mRNA表达状况的观察与描述,以及在表达层面对儿童脑肿瘤相关样本开展比较性分析。由于数据具有较高的平均测序reads数,也可用于需要较深测序覆盖支撑的表达谱分析任务。需要说明的是,具体可支持的分析类型与分析结论受数据实际内容限制,源站未提供更细化的适用说明。
【使用方法】
该数据集可通过其来源站点ega-archive.org获取。在使用时,应结合RNA表达谱数据的通用分析流程,对多腺苷酸化mRNA相关的测序reads进行处理与表达层面的解读。关于数据的具体下载方式、文件格式、访问权限申请流程及配套分析工具等,源站未提供。
【质量与限制】
从已有信息看,该数据集在测序深度方面具有明确指标,平均每个样本97.64百万reads,且建库针对多腺苷酸化mRNA,采用Illumina TruSeq RNA样本制备试剂盒,这些构成了数据质量描述的基础。但关于样本量、重复性、批次信息、数据完整性评估及质控结果等,源站未提供。因此,该数据集在质量层面的完整评价受到信息范围的限制,使用时需注意其适用范围。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据前,应自行向来源站点ega-archive.org确认相关的引用规范与使用许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001004803
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression profiling of pediatric brain tumors Embryonal Tumor with Multilayered Rosettes (ETMR) [Dataset]. https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001004803
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