弥漫性脑干胶质瘤患者肿瘤组织样本的DNA分析

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT00899834

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：脑肿瘤，中枢神经系统肿瘤。由于对弥漫性脑干胶质瘤的生物学特性了解甚少，本方案的目标是对前瞻性收集的新鲜冷冻和固定肿瘤样本以及相应正常组织进行DNA异常、RNA和蛋白质表达的系统分析。目的：* 对弥漫性脑干胶质瘤患者的肿瘤样本和正常组织进行全基因组DNA增益和丢失以及RNA表达分析。* 使用阵列比较基因组杂交或单核苷酸多态性阵列识别基因组增益或丢失区域。* 通过Affymetrix基因表达谱分析，研究这些患者肿瘤样本和正常组织中RNA的全基因组表达模式。* 通过对候选基因的进一步评估，或在RNA和蛋白质水平上研究相关基因产物的表达，来验证全基因组分析的结果。

• 对候选抑癌基因和癌基因中的突变进行分析（包括全基因组测序研究），采用肿瘤DNA直接测序分析，并通过分析相应的体质DNA来确认这些突变的肿瘤特异性。 * 利用荧光原位杂交（FISH）技术在组织微阵列上确认基因组增益或丢失，若可获得，以每位患者的非肿瘤脑组织作为对照。 * 探索通过免疫组化或蛋白质印迹法鉴定的蛋白质表达模式，并将其与正常脑干组织进行比较。 * 在美国，于尸检后对研究参与者的父母、法定监护人或家庭成员进行随访（问卷和/或电话访谈），以评估与此程序相关的方面，包括潜在益处和弊端。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。