corrdeconv纠正反卷积将疾病细胞状态误读为丰度并推翻基准超越所有已发表反卷积方法

源站描述指出原生CIBERSORT与CIBERSORT_abs在微阵列上使用分位数归一化而在RNA测序上禁用,冻结的corrdeconv参数与选择保持不变

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zenodo
2026-10-18 更新
浏览 8
基因组cell inferencedisease-state confoundingdeconvolutionmeasurementcorrection atlasgene listsresearch decisions
corrdeconv corrects deconvolution's misreading of disease cell states as abundance, overturning benchmarks and outperforming every published deconvolution method

基本信息

模态
基因组
大小
0.191660019 GB
许可
Creative Commons Attribution 4.0 International
创建/更新时间
2026-10-18
版本
1.1.1

资源简介

corrdeconv纠正反卷积将疾病细胞状态误读为丰度并推翻基准超越所有已发表反卷积方法

corrdeconv corrects deconvolution's misreading of disease cell states as abundance, overturning benchmarks and outperforming every published deconvolution method

该数据集来自doi.org,属于肿瘤/膀胱癌分类,包含支撑论文“corrdeconv corrects deconvolution's misreading of disease cell states as abundance, overturning benchmarks and outperforming every published deconvolution method”的最终图表、补充表1–20、源数据工作簿、图表构建程序及corrdeconv 1.1.1。源站描述指出原生CIBERSORT与CIBERSORT_abs在微阵列上使用分位数归一化而在RNA测序上禁用,冻结的corrdeconv参数与选择保持不变。数据可。

【数据集背景】

源站首次发布:2026。

【主题与分类】

主题标签:cell inference、disease-state confounding、deconvolution、measurement、correction atlas、gene lists、research decisions。本站分类:肿瘤/膀胱癌。

【获取与许可】

源站页面:https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.23354822

使用许可:Creative Commons Attribution 4.0 International。

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源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.23354822

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 191.7 MB。

数据说明

最终图、补充表1–20、源数据工作簿、图表构建程序以及corrdeconv 1.1.1,均为手稿《corrdeconv纠正反卷积将疾病细胞状态误读为丰度的问题,颠覆基准并超越所有已发表的反卷积方法》提供支持。原生CIBERSORT和CIBERSORT_abs在微阵列数据上使用分位数归一化,而在RNA测序数据上则禁用该归一化。冻结的corrdeconv参数和选择保持不变。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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