TCIA 小鼠星形细胞瘤影像集

该数据集是一个磁共振影像(MRI)数据集,包含针对高级别星形细胞瘤(如胶质母细胞瘤)的基因工程小鼠模型的T2加权图像和动态对比增强MRI,主要用于肿瘤学和医学影像学领域,研究不同基因型与分子亚型的影像表型特征、疾病机制,并与人类疾病影像进行对比分析,以支持临床前模型的验证和转化研究。

Head、MouseHead、Mouse
Mendeley Data
2024-04-07 更新
浏览 48
Glioblastoma
TCIA Mouse-Astrocytoma Collection

基本信息

许可
CC BY 3.0
创建/更新时间
2024-04-07
版本
Complete

资源简介

TCIA 小鼠星形细胞瘤影像集

【一句话概览】

本数据集是 TCIA 公开数据集,收录 合计 2.20 GB、48 例受试者,主题涵盖 Glioblastoma,源站分类为 MR,CC BY 3.0 许可开放获取。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Mouse-Astrocytoma》。源站首次发布:2017/03/21。

【数据内容】

源站原始描述:In these GEMMs, the most commonly disregulated networks in GBM RB, KRAS and/or PI3K signaling are perturbed at the genetic level. These genetic aberrations induce development of high grade astrocytoma in the mouse with properties similar to that of human disease. MRI was used to perform a qualitative and quantitative phenotypic characterization of the different genotypes and molecular subtypes. Additionally, mouse MRI images were compared human GBM imaging parameters using the VASARI lexic…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):在这些基因工程小鼠模型(GEMMs)中,胶质母细胞瘤(GBM)中最常失调的网络——RB、KRAS和/或PI3K信号通路——在遗传水平上受到扰动。这些遗传异常诱导小鼠发生高级别星形细胞瘤,其特性与人类疾病相似。采用MRI对不同基因型和分子亚型进行了定性和定量表型特征描述。此外,利用VASARI词典将小鼠MRI图像与人类GBM影像参数进行了比较。本文所包含的MRI数据包括解剖T2加权图像和动态对比增强MRI。

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.7937/K9TCIA.2017.SGW7CAQW。

【主题与分类】

源站学科分类:MR。主题标签:Glioblastoma。

【适用方向】

源站学科分类标注为 MR。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cancerimagingarchive.net/collection/mouse-astrocytoma/

使用许可:CC BY 3.0(https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/)。

规范引用:Jansen, Sunny, & Van Dyke, Terry. (2015). TCIA Mouse-Astrocytoma Collection (Mouse-Astrocytoma) [Data set]. The Cancer Imaging Archive

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取(TCIA 标准方式)

方式一:NBIA 搜索

  1. 打开 NBIA 搜索页(免费注册 TCIA 账号);
  2. 按本数据集 Collection 名称筛选(见源站页面),加入 Download Basket;
  3. 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。

方式二:NBIA API(程序化)

curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json

方式三:TCIA Manifest + dicomsort

在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。

数据说明

该数据集是一个磁共振影像(MRI)数据集,专门针对高级别星形细胞瘤(包括胶质母细胞瘤,GBM)的基因工程小鼠模型(GEMMs)。数据集中包含通过遗传手段干扰GBM中最常见失调通路(如RB、KRAS和/或PI3K信号通路)所诱导的小鼠模型影像。数据集主要包括解剖T2加权图像和动态对比增强MRI,用于对不同基因型和分子亚型进行定性和定量的表型表征,并与人类GBM的影像参数(使用VASARI词典)进行比较。该数据集主要应用于肿瘤学、医学影像学领域,用于研究高级别星形细胞瘤的影像表型、疾病机制以及临床前模型的验证。

数据加载示例(DICOM 影像)

import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array

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