小鼠星形细胞瘤MRI数据集

包含高等级星形细胞瘤转基因小鼠模型MRI影像,适用于脑肿瘤动物模型影像分析。由The Cancer Imaging Archive提供,来自The Cancer Imaging Archive,包含医学影像数据,适用于图像分割任务,许可证为CC BY 4.0。

The Cancer Imaging ArchiveThe Cancer Imaging Archive
The Cancer Imaging Archive
2017-01-01 更新
浏览 29
图像图像分割Glioblastoma
MOUSE-ASTROCYTOMA

基本信息

模态
图像
任务类型
图像分割
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2017-01-01
版本
Complete

资源简介

小鼠星形细胞瘤MRI数据集

【一句话概览】

本数据集是 TCIA 公开的影像数据集,收录 合计 2.20 GB、48 例受试者,主题涵盖 Glioblastoma,可用于医学图像分割、检测与分类模型的训练与评测,CC BY 3.0 许可开放获取。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Mouse-Astrocytoma》。源站首次发布:2017/03/21。

【数据内容】

源站原始描述:In these GEMMs, the most commonly disregulated networks in GBM RB, KRAS and/or PI3K signaling are perturbed at the genetic level. These genetic aberrations induce development of high grade astrocytoma in the mouse with properties similar to that of human disease. MRI was used to perform a qualitative and quantitative phenotypic characterization of the different genotypes and molecular subtypes. Additionally, mouse MRI images were compared human GBM imaging parameters using the VASARI lexic…

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.7937/K9TCIA.2017.SGW7CAQW。

【主题与分类】

源站学科分类:MR。主题标签:Glioblastoma。

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cancerimagingarchive.net/collection/mouse-astrocytoma/

使用许可:CC BY 3.0(https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/)。

规范引用:Jansen, Sunny, & Van Dyke, Terry. (2015). TCIA Mouse-Astrocytoma Collection (Mouse-Astrocytoma) [Data set]. The Cancer Imaging Archive

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使用方式

数据集获取(TCIA 标准方式)

方式一:NBIA 搜索

  1. 打开 NBIA 搜索页(免费注册 TCIA 账号);
  2. 按本数据集 Collection 名称筛选(见源站页面),加入 Download Basket;
  3. 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。

方式二:NBIA API(程序化)

curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json

方式三:TCIA Manifest + dicomsort

在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。

数据说明

包含高等级星形细胞瘤转基因小鼠模型MRI影像,适用于脑肿瘤动物模型影像分析。

数据加载示例(DICOM 影像)

import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array

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