PRJNA957760:靶向lncRNA Morrbid通过调控巨噬细胞介导的血管炎症抑制腹主动脉瘤
该数据集来自NCBI,针对lncRNA Morrbid在腹主动脉瘤中的作用开展RNA-seq基因表达谱分析。数据覆盖髓系特异性Morrbid敲除小鼠与对照小鼠的骨髓来源巨噬细胞(BMDMs),用于检测Morrbid缺失后的mRNA表达变化

基本信息
资源简介
PRJNA957760:靶向lncRNA Morrbid通过调控巨噬细胞介导的血管炎症抑制腹主动脉瘤
PRJNA957760 是一个来自 NCBI 的转录组/基因表达数据集,围绕长链非编码 RNA Morrbid 在腹主动脉瘤中的作用展开。该数据集针对髓系特异性 Morrbid 敲除小鼠与对照小鼠的骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)进行 RNA-seq 基因表达谱分析,用于检测 Morrbid 缺失后 mRNA 表达的变化,从而为揭示 Morrbid 通过调控巨噬细胞介导的血管炎症影响腹主动脉瘤的机制提供表达层面的数据支持。数据集在站内归入肌肉骨骼系统疾病 / 其他分类,主题标签为 Transcriptome or Gene expression。
【数据集背景】
腹主动脉瘤是一种以主动脉壁局部扩张为特征的血管病变,其发生发展与血管壁炎症反应密切相关,巨噬细胞在其中扮演重要角色。Morrbid 是一种长链非编码 RNA,该数据集所对应的研究旨在探索 Morrbid 的可能靶基因,并进一步理解其在腹主动脉瘤中的作用。研究以髓系特异性 Morrbid 敲除小鼠为对象,通过 RNA-seq 检测骨髓来源巨噬细胞中的 mRNA 表达,以刻画 Morrbid 缺失所引起的转录组层面变化,为阐明 Morrbid 调控巨噬细胞介导的血管炎症的分子机制提供依据。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 RNA-seq 基因表达谱数据,样本来源于髓系特异性 Morrbid 敲除小鼠与对照小鼠的骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)。数据覆盖两类小鼠来源的 BMDMs,用于比较 Morrbid 缺失后 mRNA 表达的变化。主题标签表明其属于转录组或基因表达范畴。除上述样本类型与表达谱性质外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据量等更细化的信息。
【采集与来源】
数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,编号为 PRJNA957760。根据源站描述,研究者在髓系特异性 Morrbid 敲除小鼠与对照小鼠的骨髓来源巨噬细胞中开展 RNA-seq,以检测 Morrbid 缺失后的 mRNA 表达变化,并据此分析 Morrbid 的可能靶基因。数据集的英文名称体现了其研究主题,即靶向 lncRNA Morrbid 通过调控巨噬细胞介导的血管炎症抑制腹主动脉瘤。关于具体的建库方法、测序平台与数据处理流程,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组与基因表达分析相关的研究场景,尤其是围绕 lncRNA Morrbid 功能、巨噬细胞介导的血管炎症以及腹主动脉瘤机制的研究。研究者可利用髓系特异性 Morrbid 敲除与对照小鼠 BMDMs 的表达谱比较,筛选 Morrbid 缺失相关的差异表达基因,探索其潜在靶基因与下游通路。此外,该数据也可用于免疫细胞(巨噬细胞)转录组特征的参考分析,或作为相关疾病机制研究中基因表达层面的验证性数据来源。
【使用方法】
使用该数据集时,可围绕敲除组与对照组 BMDMs 的 RNA-seq 表达谱开展差异表达分析,识别 Morrbid 缺失引起的 mRNA 表达变化,并结合研究目的进行功能注释与通路层面的解读,以推断 Morrbid 的可能靶基因及其在巨噬细胞炎症调控中的作用。由于源站未提供样本数量、测序平台与数据处理细节,具体分析流程与参数需依据数据实际内容确定,源站未提供相关说明。
【质量与限制】
该数据集基于 RNA-seq 基因表达谱分析,样本为小鼠骨髓来源巨噬细胞,研究设计涵盖髓系特异性 Morrbid 敲除与对照比较。其局限性在于:源站未提供样本量、测序深度、重复设置、数据质控指标与统计分析细节,因而无法据此评估数据的统计效力与可重复性;同时,数据仅涉及小鼠 BMDMs 的转录组层面,向人体或其他组织类型的推广需谨慎。相关结论应结合实验验证与其他证据综合判断。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI,编号为 PRJNA957760。关于引用方式、许可条款与使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA957760
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为探究morrbid可能的靶基因,我们通过RNA-seq检测了Morrbid缺失的骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)中的mRNA表达。总体设计:我们对来源于髓系特异性Morrbid敲除小鼠和对照小鼠的BMDMs的RNA-seq数据进行了基因表达谱分析。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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