PRJNA1547247:C57BL/6J小鼠转录组或基因表达

该数据集来自 NCBI,研究对象为 28 周龄雌性 C57BL/6J 小鼠,比较地面对照与 14 天后肢卸载条件下,左胫骨单侧轴向加载及对侧非加载右胫骨的转录组响应

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1547247: Mus musculus strain:C57BL/6J Transcriptome or Gene expression

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-22

资源简介

PRJNA1547247:C57BL/6J小鼠转录组或基因表达

PRJNA1547247 数据集来自 NCBI,主题为转录组或基因表达,研究对象为 28 周龄雌性 C57BL/6J 小鼠。该研究考察正常行走与后肢卸载两种状态下胫骨对机械加载的基因表达响应:动物分别处于地面对照条件或经历 14 天后肢卸载,同时对左侧胫骨实施单侧轴向加载,并对骨髓冲洗后的加载左侧胫骨与对侧非加载右侧胫骨进行 RNA-seq,以探究加载与废用相关的转录响应。数据最初由 Fu 等(2026)报道,并在后续关于双侧骨骼响应的研究中被重新分析。本站将其归类于肌肉骨骼系统疾病 / 其他。

【数据集背景】

骨骼组织对机械力学环境高度敏感,正常负重行走所提供的机械刺激与后肢卸载所致的废用状态,会在转录水平上引发不同的基因表达程序。该数据集正是围绕这一背景设计:以 28 周龄雌性 C57BL/6J 小鼠为对象,设置地面对照与 14 天后肢卸载两类条件,并在两种条件下对左侧胫骨施加单侧轴向加载,通过比较加载侧与对侧非加载侧的转录组,解析机械加载与废用对胫骨基因表达的相对影响。源站描述指出,这些数据最初由 Fu 等(2026;doi:10.1038/s41526-026-00642-9)报道,并在随后一项关于双侧骨骼响应的研究中被重新分析。

【数据内容】

该数据集的主题标签为转录组或基因表达,核心数据为 RNA-seq 产生的胫骨转录组数据。样本取材于骨髓冲洗后的胫骨,具体包括加载的左侧胫骨与对侧非加载的右侧胫骨,从而在同一动物体内形成加载侧与非加载侧的配对比较。研究覆盖地面对照与 14 天后肢卸载两种整体条件,结合单侧轴向加载设计,可用于考察加载相关与废用相关的转录响应。关于样本数量、测序深度、读长、表达矩阵规模、差异表达基因数目等具体指标,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。实验对象为 28 周龄雌性 C57BL/6J 小鼠,实验条件包括地面对照条件与 14 天后肢卸载,并同时对左侧胫骨实施单侧轴向加载。转录组检测采用 RNA-seq,检测材料为骨髓冲洗后的加载左侧胫骨与对侧非加载右侧胫骨。该数据最初由 Fu 等(2026;doi:10.1038/s41526-026-00642-9)报道,并在后续关于双侧骨骼响应的研究中被重新分析。除上述信息外,样本制备、测序平台、建库策略与数据处理流程等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究机械加载与废用状态对骨组织转录组的影响,可用于比较同一动物加载侧与非加载侧胫骨的基因表达差异,也可用于比较地面对照与后肢卸载条件下胫骨对单侧轴向加载的响应差异。其主题与肌肉骨骼系统疾病 / 其他分类相关,适合作为骨骼力学响应、废用性骨变化及载荷相关基因表达研究的转录组参考数据,也可用于对原始报道结果进行重新分析或开展双侧骨骼响应的后续研究。关于该数据是否适用于其他物种、其他年龄或性别、其他骨骼部位,源站未提供。

【使用方法】

使用时可依据加载左侧胫骨与对侧非加载右侧胫骨的配对关系组织比较分析,并结合地面对照与 14 天后肢卸载两种条件进行分组对照,以区分加载相关与废用相关的转录响应。由于该数据在后续双侧骨骼响应研究中已被重新分析,使用者可参考原始报道(doi:10.1038/s41526-026-00642-9)了解分析背景。关于具体的下载地址、文件格式、数据组织方式与分析流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的实验设计明确,包含同体对侧对照与两种整体条件,有利于控制个体间差异。但其对象限定为 28 周龄雌性 C57BL/6J 小鼠,取材限定为骨髓冲洗后的胫骨,结论外推到其他年龄、性别、品系或骨骼部位时需谨慎。样本量、测序质量指标、重复数及统计效力等信息,源站未提供。数据最初报道于 Fu 等(2026),并被后续研究重新分析,使用时应关注不同分析目的下的处理差异。

【引用与许可】

原始报道为 Fu 等(2026;doi:10.1038/s41526-026-00642-9),该数据在后续关于双侧骨骼响应的研究中被重新分析。关于数据集的许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1547247

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究考察了正常行走和后肢卸载过程中胫骨基因表达对机械负荷的响应。28周龄雌性C57BL/6J小鼠接受地面对照条件或14天后肢卸载,同时进行左胫骨单侧轴向加载。对骨髓冲洗后的加载左侧胫骨和对侧未加载右侧胫骨进行RNA-seq,以研究加载和废用相关的转录反应。这些数据最初由Fu等人报道(2026;doi:10.1038/s41526-026-00642-9),并在随后一项关于双侧骨骼反应的研究中重新分析。

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