PRJNA147101：Atf3-/-与WT BMDMs经LPS处理4小时的应答
数据主题为转录组或基因表达，可用于分析 Atf3 在巨噬细胞炎症应答中的调控作用及相关差异表达基因。本站将其归类于肌肉骨骼系统疾病/其他（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
PRJNA147101：Atf3-/-与WT BMDMs经LPS处理4小时的应答
PRJNA147101 是一个关于小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDM）在脂多糖（LPS）刺激条件下转录组响应的生物项目，全称为“Response of Atf3-/- and WT BMDMs to treatment with LPS for 4 h”。该项目比较了 Atf3 基因敲除（Atf3-/-）与野生型（WT）BMDM 在 LPS 处理 4 小时后的基因表达变化，属于转录组或基因表达研究范畴。数据来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，本站将其归类于肌肉骨骼系统疾病/其他。该数据集可用于分析 Atf3 在巨噬细胞炎症应答中的调控作用及相关差异表达基因，为理解炎症信号通路和基因调控机制提供转录水平的数据支持。
【数据集背景】
该数据集对应的生物项目来自 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA147101，物种为小鼠（Mus musculus）。BioProject 是围绕某一特定研究计划或由单一机构、联盟发起的生物数据的集合，其记录为用户提供访问该项目所生成多种数据类型链接的统一入口。该项目的核心研究背景是比较 Atf3 基因缺失与野生型小鼠骨髓来源巨噬细胞在 LPS 刺激下的转录组差异，从而探讨 Atf3 在巨噬细胞炎症应答中的潜在调控功能。LPS 是革兰阴性菌细胞壁成分，常用于诱导巨噬细胞炎症反应，而 Atf3 作为应激响应转录因子，可能参与调控炎症相关基因的表达。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据类型属于转录组或基因表达层面。
【数据内容】
该数据集包含 Atf3-/- 与 WT 两种基因型的小鼠 BMDM 在 LPS 处理 4 小时后的转录组或基因表达数据。具体数据内容涉及基因表达谱的测定，可用于识别两组之间的差异表达基因。数据主题明确为转录组或基因表达，因此可能包括 RNA 测序或微阵列等高通量表达数据。项目标题直接指明了处理条件（LPS 4 小时）和细胞类型（BMDM），以及基因型对比（Atf3-/- 与 WT）。这些数据能够反映 Atf3 缺失对巨噬细胞在炎症刺激下基因表达模式的影响。关于样本数量、测序深度、具体表达矩阵或差异基因列表等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目编号为 PRJNA147101，源站标题为“Mus musculus (ID 147101) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录本身不直接存储原始数据，而是提供指向该项目所生成的各种数据类型的链接。该项目的生物材料为小鼠骨髓来源巨噬细胞，处理条件为 LPS 刺激 4 小时，比较组为 Atf3 敲除与野生型。关于具体的实验操作流程、测序平台、试剂批次、样本采集时间等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组或基因表达相关的分析场景。具体而言，可用于分析 Atf3 在巨噬细胞炎症应答中的调控作用，识别 Atf3 依赖的差异表达基因，探索 LPS 刺激下巨噬细胞基因表达变化的分子机制。此外，该数据也可用于比较基因敲除与野生型在特定刺激条件下的转录组差异，为炎症相关信号通路研究提供数据支持。由于本站将其归类于肌肉骨骼系统疾病/其他，该数据集可能被用于与肌肉骨骼系统疾病相关的免疫或炎症研究背景中，但具体关联需结合进一步分析。该数据集还可用于方法学验证、差异表达分析流程测试或作为公共转录组数据资源进行整合分析。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该项目的记录，项目编号为 PRJNA147101。BioProject 记录提供指向该项目所生成的各种数据类型的链接，用户可据此获取转录组或基因表达数据。具体的数据下载方式、文件格式、分析工具等取决于项目所关联的数据类型和存储位置。通常，转录组数据可能以原始测序读段、表达矩阵或差异表达结果等形式提供。用户可根据研究目的选择相应的数据分析流程，如差异表达分析、功能富集分析或通路分析。关于具体的数据访问链接、下载步骤或推荐分析软件，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的质量控制信息、数据完整性、样本重复数、测序深度、比对率等指标，源站未提供。由于仅基于 BioProject 记录，无法评估数据的具体质量水平。限制方面，该数据集仅涉及 LPS 处理 4 小时一个时间点，无法反映更长时间或不同时间点的动态变化；仅比较 Atf3-/- 与 WT 两种基因型，未涵盖其他遗传背景或干预条件。此外，该数据来源于小鼠 BMDM，结论外推到其他细胞类型或物种时需谨慎。关于数据的具体限制和偏差，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用条款等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 数据库的相关政策以及项目原始发布者的要求。关于具体的引用文献、数据许可类型或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA147101
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
动脉粥样硬化是一种慢性炎症性疾病，其特征在于动脉壁中载脂巨噬细胞的积累。内膜巨噬细胞通过清道夫受体摄取修饰的脂蛋白，如氧化低密度脂蛋白（oxLDL），导致脂滴中过量胆固醇酯的储存和“泡沫细胞”表型的形成。此外，已证实巨噬细胞Toll样受体（TLRs）的刺激可促进脂滴增殖。我们探究了是否存在既参与修饰脂蛋白途径又参与TLR刺激途径，共同促进泡沫细胞形成的转录调节因子，并确定了转录因子ATF3作为候选调节因子。在这项特定的微阵列研究中，我们重新分析了2006年一项微阵列实验（Gilchrist等人，《自然》，441：173-178，2006年）的部分数据，该实验中野生型和Atf3-/-小鼠巨噬细胞被LPS刺激。本分析旨在利用最新的基因组注释，识别在巨噬细胞中因ATF3缺失而显著影响LPS响应的基因。
总体设计：本提交中包含的原始微阵列数据文件最初作为伴随Gilchrist等人研究的大型微阵列数据集的一部分向公众发布（ArrayExpress登录号# E-TABM-102）。这些数据使用CustomCDF v13 ENSG探针集重新分析，作为巨噬细胞对刺激物（包括LPS）反应转录组研究的一部分，这些刺激物可诱导泡沫细胞形成（参见GSE32358和GSE32359）。在Gilchrist研究中，实验设计如下：指定品系的雌性小鼠在8-12周龄时处死，使用rhM-CSF从股骨骨髓中衍生巨噬细胞。第六天，将巨噬细胞铺板并按指示将LPS引入培养基中。四小时后，使用Trizol分离RNA。从RNA样本衍生的标记cRNA与Affymetrix Mouse Genome 430 2.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
