PRJNA1465291：TGF-β2刺激下人真皮淋巴内皮细胞Nogo-B敲低RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1465291

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Nogo-B（RTN4B）是一种内质网相关蛋白，在调节内皮细胞功能和血管重塑中发挥关键作用。然而，其在淋巴管内皮细胞（LECs）中的作用以及对促纤维化信号的响应仍知之甚少。转化生长因子-β2（TGF-β2）是内皮表型的关键调节因子，并已被认为与病理条件下的淋巴功能障碍有关。在本研究中，我们进行了RNA测序（RNA-seq），以研究在TGF-β2刺激下，人真皮淋巴管内皮细胞（HDLECs）中与Nogo-B敲低相关的转录变化。HDLECs被转导了靶向Nogo-B的shRNA（shNogo-B）或对照shRNA（shGFP），随后用TGF-β2处理72小时。提取总RNA并进行高通量测序。通过比较转录组分析，鉴定在TGF-β2刺激条件下受Nogo-B调控的差异表达基因和通路。

该数据集提供了关于Nogo-B调节淋巴内皮细胞对TGF-β信号响应的分子机制的见解，包括与细胞外基质组织、细胞迁移、增殖和细胞骨架重塑相关的途径。这些数据为了解Nogo-B在淋巴内皮生物学中的作用及其对TGF-β介导的信号传导和功能障碍的贡献提供了资源。总体设计：将HDLEC用shGFP对照或shNogo-B慢病毒转导，并用TGF-β2处理72小时。进行RNA-seq以比较在TGF-β2刺激下对照组和Nogo-B敲低HDLEC之间的转录组变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。