SKG小鼠CD4⁺ T细胞经TCR刺激及CsnB处理的RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1372156

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

类风湿关节炎（RA）是一种慢性自身免疫性疾病，其中CD4⁺ T细胞和辅助性T细胞17（Th17）细胞在驱动滑膜炎症中发挥核心作用。Nr4a1是一种孤儿核受体，作为T细胞活化的负调控因子发挥作用。Cytosporone B（CsnB）是一种具有免疫调节特性小分子Nr4a1激动剂，但其对自身免疫性关节炎中T细胞应答的影响尚不清楚。在本研究中，我们使用SKG小鼠——一种T细胞驱动的慢性自身免疫性关节炎模型——来研究药理学Nr4a1激活如何影响致病性T细胞应答。从SKG小鼠中分离的CD4⁺ T细胞在体外通过T细胞受体进行刺激，同时给予或不给予CsnB，并通过RNA测序进行转录组分析。所得数据集提供了关于CsnB诱导的活化CD4⁺ T细胞基因表达变化的全基因组信息，并支持对Nr4a1激活如何调节自身免疫性关节炎中T细胞活化和Th17相关通路的机制分析。总体设计：使用磁激活细胞分选从SKG小鼠的脾脏和淋巴结中分离总CD4⁺ T细胞。

纯化的CD4⁺ T细胞在体外经抗CD3和抗CD28抗体包被的培养板上刺激，在存在或不存在Nr4a1激动剂Cytosporone B (CsnB)的条件下刺激2小时。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。