PRJNA1368813：单细胞与bulk RNA-seq联合揭示骨髓炎免疫景观变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1368813

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数据说明

目的：本研究深入刻画了骨髓炎的免疫微环境特征，明确了驱动疾病进展的关键基因与细胞群体，并挖掘了可用于药物干预的靶点数据。方法：我们分析了数据集GSE168896中小鼠胫骨骨髓炎样本的时间序列转录组测序数据。采用模糊C均值聚类方法揭示与疾病进展相关的基因集。通过在线工具ImmuCellAI-mouse进行免疫细胞浸润分析。此外，利用单细胞测序数据，我们描绘了免疫细胞亚群特征，并确定了在骨髓炎小鼠中显现的关键细胞亚型。结果：我们识别出六个基因簇，它们在骨髓炎过程中展现出不同的时序表达模式和功能作用，如白细胞和淋巴细胞活化、骨化等。单细胞测序分析进一步揭示了7个不同的细胞亚群。其中，M2型巨噬细胞在骨髓炎发生后显著增加。

Arg+Sdc4+巨噬细胞和Cxcl1+Ccl4+巨噬细胞是骨髓炎后出现的新巨噬细胞亚群，Mif+Cd63+巨噬细胞的浸润显著增加。此外，Cxcl2-Cxcr2配体-受体在免疫细胞中贡献最大。总体设计：对建模两周后的骨髓flox小鼠、骨髓炎flox小鼠和Trim59-cKO小鼠（flox_ctrl、flox_om、cko_om）进行单细胞RNA测序分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。