PRJNA1242320：NUDT21通过可变多聚腺苷酸化塑造ARDS巨噬细胞转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1242320

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

定义调控巨噬细胞驱动炎症的分子机制对于开发ARDS的靶向干预措施至关重要。其中一种机制可能是选择性多聚腺苷酸化（APA），这是一种在基因调控中发挥关键作用的转录后调控过程。大多数哺乳动物基因，包括关键的促炎介质，都含有多个多聚腺苷酸化位点（PAS）。APA调控在选择性PAS处添加poly(A)尾，从而产生具有不同3‘ UTR长度的转录本。APA的一个关键调控因子是Nudix水解酶21（NUDT21），它是切割因子Im（CFIm）的重要组成部分。然而，NUDT21介导的APA是否在ARDS期间的炎症中发挥作用尚不清楚。因此，本研究的目标是鉴定巨噬细胞中由NUDT21调控的APA基因。总体设计：使用polyA-click seq（PAC-seq）对从髓系NUDT21缺失小鼠（NUDT21 f/f LysmCre）或对照LysmCre小鼠中收集的骨髓来源巨噬细胞进行选择性多聚腺苷酸化的比较分析，上述小鼠接受/未接受1 ug/ml LPS处理3小时。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。