氧化应激处理大鼠滑膜成纤维细胞构建衰老滑膜类器官模型

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE300993

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

骨关节炎（OA）是一种常见的与年龄相关的关节疾病，以软骨丢失和滑膜炎为特征。细胞衰老通过衰老相关分泌表型（SASP）促进慢性炎症。近期证据表明，衰老的滑膜成纤维细胞（SFs）参与OA的发病机制。然而，通过SASP由衰老SFs形成的微环境的体外建模仍然有限。在此，我们利用衰老的大鼠SFs构建了三维（3D）衰老滑膜类器官模型。我们用H2O2处理单层培养的大鼠正常SFs以诱导细胞衰老。H2O2处理显著增加了衰老相关β-半乳糖苷酶（SA-β-gal）阳性率及衰老相关基因的表达。随后，通过将正常或衰老SFs包埋于Matrigel中生成滑膜类器官（Cont-Org或H2O2-Org）。与Cont-Org相比，H2O2-Org形成了增厚的衬里层和独特的转录组谱。富集分析鉴定出与ECM组织、生长因子应答以及PI3K-Akt/MAPK信号传导相关的基因上调。

H2O2-Org表现出独特的分泌表型，其特征是多种ECM成分、ECM降解酶和促炎因子的表达升高。H2O2-Org中衰老相关基因集的表达水平高于Cont-Org和经H2O2处理的单层SFs。对H2O2-Org的蛋白质-蛋白质相互作用分析鉴定出Il6、Tgfb1、Mmp13和Ngf等核心枢纽基因，其上调也在蛋白质水平得到证实。与人OA滑膜的单细胞RNA测序数据比较显示，H2O2-Org与人OA SFs之间存在转录相似性。我们的研究结果表明，衰老滑膜类器官忠实再现了衰老SF微环境的关键特征，并将为聚焦细胞衰老的OA研究提供理想平台。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。