具核梭杆菌抑制成骨细胞成骨分化及其分子机制

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE133223

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数据说明

背景：具核梭杆菌是牙周炎的重要致病菌之一，牙周炎的主要症状是牙槽骨丧失。具核梭杆菌在牙周炎所致牙槽骨丧失中的研究仍十分不足。本研究通过研究具核梭杆菌刺激成骨细胞的生物学行为，以阐明牙周炎骨丧失的机制。方法：建立原代大鼠颅骨成骨细胞培养模型，并用具核梭杆菌（ATCC 25586）反复侵入。应用多个时间点（第1、3、7、14、21和28天）的转录组分析，以识别具核梭杆菌刺激成骨细胞后的基因表达变化。采用细胞计数和EDU标记实验分析具核梭杆菌对细胞增殖的影响。采用流式细胞术和酶联免疫吸附试验（ELISA）分析细胞凋亡、细胞周期及分泌炎性细胞因子的变化。进行ALP活性检测、茜素红矿化结节染色和钙含量测定、qPCR和western blot，以评估成骨细胞的成骨分化和矿化。

结果：细胞学实验和RNA-seq分析显示，具核梭杆菌（F. nucleatum）能够以剂量和时间依赖的方式抑制细胞增殖、促进细胞凋亡、阻滞成骨细胞细胞周期并促进炎性细胞因子的产生。此外，具核梭杆菌可通过一系列分化调控基因和蛋白的抑制作用，显著抑制成骨细胞的分化和矿化。全转录组分析共鉴定出235个在所有六个时间点均差异表达的转录本，其中大多数为炎症相关基因。基因Ccl2、Ccl20、Csf1、Cx3cl1、Cxcl1、Cxcl3、Il6、Birc3、Map3k8、Nos2、Nfkb2、Tnfrsf1b和Vcam1在PPI网络中发挥核心作用，并在感染过程中与其他基因紧密相互作用。此外，133个成骨相关差异表达基因（DEGs）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。