过滤空气与CAP暴露动物的内皮祖细胞基因表达倍数变化

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Acd3867256f74a945697001980b59f412aa779e8bb9daaa520da6b715329c0f24

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管一些先前的研究已经发现细颗粒物（PM2.5）暴露与衰老指标之间存在关联，但这些关联的程度及其潜在机制尚不明确。在本研究中，我们将雄性C57BL/6J小鼠暴露于过滤空气和浓缩环境PM2.5（CAP）中，并评估了两个常见的衰老标志：端粒长度和细胞衰老。在所检测的细胞类型中，与过滤空气对照组相比，暴露于CAP的小鼠外周血单核细胞（PBMNCs）、内皮祖细胞（EPCs）和骨髓来源的c-kit+细胞均表现出端粒缩短。PBMNCs和EPCs中的端粒磨损源于端粒酶逆转录酶（Tert）催化活性的减弱。我们发现，在补充了抗氧化剂肌肽的饮用水的CAP暴露小鼠中，这些细胞类型的端粒磨损得到了减轻。

然而，PBMNCs中的端粒磨损是可逆的，但……我们使用RT-PCR分析端粒酶逆转录酶（Tert）、编码端粒酶相关蛋白的基因、shelterin复合体蛋白以及衰老指示基因的表达水平。使用miRNeasy分离试剂盒（Qiagen，#217004）从冻存细胞沉淀中分离RNA，并在Nanodrop One分光光度计上测定浓度。随后取100ng RNA，使用High-Capacity cDNA逆转录试剂盒（Thermo Fisher #4368814）以随机引物进行逆转录。最后，我们使用特异性TaqMan引物（Thermo Fisher）和TaqMan 2x Universal PCR Master Mix（Thermo Fisher，#4324018）扩增编码以下序列：Tert（Mm00436931_m1）、Dkc1（Mm01222888_m1）、Nop10（Mm00777618_g1）、Nhp2（Mm00835429_g1）、Gar1（Mm00452760_g1）、Terf1（Mm00436928_m1）、Terf2（mm01253555_m1）、Terf2ip（Mm01243676_m1）、Pinx1（Mm00499603_m1）、Tin2（Mm00461166_g1）、Tpp1（Mm03989838_g1）、p16INK4A（Mm00494449_m1）、Ccl5（Mm01302427_m1）、Tnfa（Mm00443258_m1）和IL-1b

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。