脊椎动物骨骼系统统一解剖本体数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.6bt92

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 147.2 KB。

数据说明

骨骼在比较脊椎动物形态学、古生物学、生物力学、发育生物学和系统学研究中的重要性是根本性的。受需要计算访问和跨脊椎动物多样骨骼表型进行比较推理的研究问题驱动，我们开发了一个骨骼系统解剖概念模块——脊椎动物骨骼解剖本体（VSAO），以适应并统一现有的特定物种（小鼠、非洲爪蟾、斑马鱼）和多物种（硬骨鱼、两栖动物）脊椎动物解剖本体的骨骼术语。这些术语之间先前的差异甚至阻碍了涉及脊椎动物形态的数据库间的简单查询。这个包含上层和特定骨骼术语的模块目前包括223个定义术语和179个同义词，整合了骨骼细胞、组织、生物过程、器官（如骨骼和软骨等骨骼元素）以及骨骼系统的细分。

VSAO旨在与其他本体集成，包括通用解剖参考本体（CARO）、基因本体（GO）、Uberon和细胞本体（CL），并免费向社区开放，以便根据研究需要更新附加术语。其结构适应了脊椎动物物种在发育、结构和组成上的解剖变异。利用这一本体对多样化的脊椎动物表型进行注释，将能够开启跨表型多样性全谱系的新探究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。