初治幼年特发性关节炎固有免疫单细胞图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/10eb236d-d42d-45b8-8363-c2dcf865f388

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理解慢性自身免疫性关节炎的启动事件，依赖于界定驱动早期关节炎症的复杂先天免疫网络和微解剖生态位。我们对未经治疗的幼年特发性关节炎患者的配对外周血和滑液应用了CITE-seq（单细胞RNA和表面蛋白测序），并特别富集了先天淋巴细胞和树突状细胞（DC）。将这些图谱与一个全面的多组织队列（Bolton, Mahony等，2025，Sci Transl Med，DOI: 10.1126/scitranslmed.adt6050）整合，使我们能够生成滑膜先天免疫景观的高分辨率细胞图谱。我们进一步鉴定并定义了高度活化、产生XCL1/XCL2的滑膜自然杀伤（NK）细胞状态，以及一个重构的DC区室。这些分析界定了与致病性组织生态位相关的生物学通路，包括XCR1+ cDC1的强劲扩增及其向成熟调节性DC（mregDC）转变的潜力。作为研究界的宝贵资源并促进开放探索，本合集提供了三个交互式数据集。

第一，全局细胞图谱，涵盖血液、滑液以及解离滑膜组织群体的总体生态系统。第二，提供NK细胞和辅助性固有淋巴样细胞的高分辨率亚群，而第三则分离出cDC1、cDC2、浆细胞样DC和mregDC的高分辨率亚群。关于数据使用，请根据所分析的数据集引用相应手稿。使用固有淋巴细胞或DC数据集时，请引用我们的主手稿。对于全局细胞图谱的一般分析，请同时引用我们的主手稿和Bolton, Mahony et al., 2025。对于专门分离滑膜组织数据的分析，仅引用Bolton, Mahony et al., 2025。疾病：幼年特发性关节炎。组织：血液、滑膜组织层、滑液。检测方法：10x 3’ v3、10x 5’ v2。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。