矢状位腰椎MRI三维分割模型

该数据集来自 Kaggle,由 coderRKJ 于 2024 年发布,包含 12 个文件,主要为矢状位腰椎 MRI 三维分割模型的训练产物,如各折(fold)的检查点文件、Lightning 日志中的超参数配置与指标记录

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2024-09-13 更新
浏览 4
医学影像图像分割腰椎MRI图像分割三维分割肌肉骨骼系统深度学习模型
3D Segmentation Sagittal Lumbar Spine MRI Models

基本信息

模态
医学影像
大小
1.171744259 GB
任务类型
图像分割
许可
CC0: Public Domain
创建/更新时间
2024-09-13
版本
v1

资源简介

矢状位腰椎MRI三维分割模型

该数据集来自 Kaggle,由 coderRKJ 于 2024 年 9 月 13 日发布,版本为 v1,采用 CC0 公有领域许可。数据集共包含 12 个文件,内容为矢状位腰椎 MRI 三维分割模型的训练产物,涵盖各折(fold)的模型检查点文件,以及 Lightning 日志中的超参数配置与训练指标记录,文件格式包括 CKPT、YAML 与 CSV。整体数据规模约 1.17 GB,适合用于了解该三维分割模型的训练配置、复现训练过程或在此基础上开展迁移与对比研究。

【数据集背景】

该数据集归属于肌肉骨骼系统疾病 / 其他分类,主题为矢状位腰椎 MRI 的三维分割。腰椎 MRI 分割在临床与研究中常用于椎体及周围结构的识别与定量分析,三维分割模型能够对矢状位序列进行体素级标注预测。该数据集提供的并非原始影像,而是围绕三维分割任务训练得到的模型产物与训练记录,因而其价值更多体现在模型层面而非影像数据层面。发布者为 coderRKJ,发布时间为 2024 年 9 月 13 日,版本为 v1。

【数据内容】

数据集共 12 个文件,按折(fold)组织目录。以 fold_0 为例,包含检查点文件 fold=0-epoch=99-val_loss=0.62-val_miou=0.37.ckpt,以及 lightning_logs/version_0 下的 hparams.yaml 与 metrics.csv;fold_1 包含 fold=1-epoch=99-val_loss=0.66-val_miou=0.36.ckpt 及对应的 hparams.yaml、metrics.csv;fold_2 亦有相应文件。从文件命名可以看出,检查点记录了训练轮次(epoch=99)以及验证损失与验证 mIoU 两项指标。超参数配置文件以 YAML 格式保存,训练指标记录以 CSV 表格形式保存。文件样例中未完整列出全部 12 个文件,其余文件的具体名称源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 kaggle.com,源站描述引用为 coderRKJ (2024). 3D Segmentation Sagittal Lumbar Spine MRI Models [Dataset]. https://www.kaggle.com/datasets/coderrkj/3d-segmentation-sagittal-lumbar-spine-mri-models。机构为 coderRKJ。关于原始 MRI 影像的采集设备、采集机构、受试者来源与伦理审批等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于三维腰椎 MRI 分割模型的训练过程复现与配置参考,例如通过超参数文件了解训练设置,通过指标记录观察各折的训练与验证表现,通过检查点文件直接加载模型进行推理或继续训练。也可用于不同折之间的模型对比、损失与 mIoU 指标的变化分析,以及作为迁移学习的初始权重来源。由于数据为模型产物而非影像数据,其适用场景集中于模型层面,不直接用于影像判读或临床诊断。

【使用方法】

使用时可先下载全部 12 个文件,合计约 1.17 GB。按文件格式分别读取:CKPT 为模型检查点,需借助相应的深度学习框架加载;YAML 为超参数配置,可用文本或配置解析工具读取;CSV 为表格形式的指标记录,可用表格工具或数据分析库读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因格式或编码差异导致读取错误。

【质量与限制】

从文件命名可见,fold_0 的验证损失为 0.62、验证 mIoU 为 0.37,fold_1 的验证损失为 0.66、验证 mIoU 为 0.36,指标水平可作为模型性能的参考。数据集的限制在于:其内容为模型训练产物,不含原始影像与标注;文件样例仅展示部分文件,完整文件构成需以实际下载为准;关于数据划分方式、训练集与验证集规模、影像采集参数等信息,源站未提供。此外,各折指标仅反映验证集表现,泛化能力需结合外部数据另行评估。

【引用与许可】

引用格式为:coderRKJ (2024). 3D Segmentation Sagittal Lumbar Spine MRI Models [Dataset]. https://www.kaggle.com/datasets/coderrkj/3d-segmentation-sagittal-lumbar-spine-mri-models。许可为 CC0: Public Domain,即公有领域贡献,使用时仍建议保留来源引用。关于许可的进一步条款细节,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://kaggle.com/datasets/coderrkj/3d-segmentation-sagittal-lumbar-spine-mri-models

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.17 GB。

数据说明

coderRKJ (2024). 3D Segmentation Sagittal Lumbar Spine MRI Models [Dataset]. https://www.kaggle.com/datasets/coderrkj/3d-segmentation-sagittal-lumbar-spine-mri-models

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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