疟疾细胞图谱:疟原虫单细胞转录组
该数据集来自ebi.ac.uk,聚焦感染/寄生虫病方向,提供鼠疟与人疟原虫的单细胞RNA测序数据,覆盖无性与有性生活史阶段,包含500余个单细胞样本

基本信息
资源简介
疟疾细胞图谱:疟原虫单细胞转录组
Malaria Cell Atlas: Single cell transcriptomics of malaria parasites
该数据集来自ebi.ac.uk,聚焦感染/寄生虫病方向,提供鼠疟与人疟原虫的单细胞RNA测序数据,覆盖无性与有性生活史阶段,包含500余个单细胞样本。数据可用于解析疟原虫在单个寄生虫水平的转录异质性,识别致病阶段中此前隐藏的离散转录特征,并支持发育轨迹与基线表达分析,为红细胞入侵、免疫逃逸等关键表型研究提供基础(来源 BioStudies)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):单细胞RNA测序正在革新我们对看似均一的细胞群体的理解,但尚未广泛应用于单细胞生物。来自疟原虫属的单细胞疟疾寄生虫的转录变异与包括红细胞入侵和免疫逃逸在内的关键表型相关,然而在单个寄生虫水平上的转录变异尚未得到深入研究。在此,我们描述了将单细胞RNA测序(scRNA-seq)方案应用于解卷积超过500个个体寄生虫的转录变异,这些寄生虫来自啮齿动物和人类疟疾,涵盖无性和有性生活史阶段。我们揭示了致病生命周期阶段中此前隐藏的离散转录特征,表明发育过程中的表达并不像通常认为的那样连续。在传播中
【主题与分类】
主题标签:trajectory、baseline、RNA-seq of coding RNA from single cells、Plasmodium falciparum 3D7、Plasmodium berghei ANKA。本站分类:感染/寄生虫病。
【获取与许可】
源站页面:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-ERAD-611
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数据说明
E-ERAD-611 疟疾细胞图谱:疟原虫单细胞转录组学轨迹基线 编码RNA的单细胞RNA-seq EFO EFO_0005684 恶性疟原虫3D7 伯氏疟原虫ANKA 单细胞RNA测序正在革新我们对看似同质性细胞的理解
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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