IVM敏感与耐药捻转血矛线虫微阵列数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE79542

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

抗蠕虫药物耐药性是全球抗击寄生线虫斗争中的一大难题。以往大多数研究集中于分析可能参与耐药性的候选基因。本文采用一种新方法，研究重要寄生虫——捻转血矛线虫（Haemonchus contortus）中耐药株与敏感株之间microRNA表达的变化。耐药虫株包括两个地理上不同的株系，以及通过敏感亲本与耐药亲本多轮回交并施加伊维菌素选择压力而获得的两个品系。与敏感株相比，全部四个耐药株均显示单一miRNA——hco-miR-9551的丰度增加。hco-miR-9551在雌虫中富集，可能定位于X染色体，且仅存在于进化支V的寄生线虫中。耐药亲本株基因组中约5-10%渗入到相应的回交后代中，提示hco-miR-9551或受该miRNA调控的基因可能在遗传上与决定耐药性的位点连锁。

通过计算识别出含有hco-miR-9551预测结合位点的基因，并基于转录组数据集中的差异表达进行了精炼。这些发现推进了我们对捻转血矛线虫抗蠕虫药耐药分子机制的概念性理解，并表明miRNA表达的 Alterations 可能与药物耐药性相关联。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。