P4小鼠全肾多囊肾病RNA测序数据集
该数据集包含出生后第4天小鼠全肾组织的RNA测序数据，数据模态为基因表达谱（转录组数据），来源于多种多囊肾病相关基因敲除小鼠模型，包括单敲除和双敲除样本，主要用于研究多囊肾病的分子机制、基因表达变化以及双敲除对疾病表型的缓解作用，为肾脏疾病研究提供关键的转录组学资源。
基本信息
资源简介
P4小鼠全肾多囊肾病RNA测序数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《RNAseq from P4 murine whole kidneys with Polycystic Kidney Disease》。项目资助方：Australian National Health and Medical Research (NHMRC) APP1046174
Australian National Health and Medical Research (NHMRC) APP1182539
PKD Foundation
Senior Research Fellowship of the NHMRC APP1106516
Monash International PhD student scholarship
Australian Government Research Training Program (RTP) Scholarship。源站首次发布：2023-11-11。
【数据内容】
源站原始描述：Snap frozen Postnatal day4 murine kidney tissues were crushed using micropestles in RLT Buffer and RNA was extracted from these tissues using QiaShredders followed by Qiagen RNAeasy Mini Kits according to manufacturer’s protocol. RNA concentration and integrity were determined by Aligent bioanalyzer. cDNA library preparation was carried out using NEB Next Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina RNA sequencing (E7420S) and sequenced on an Illumina HiSeqX10 machine in 150 bp paired end…
【数据结构与技术规格】
文件数 72 个，合计 68.09 GB。HoxB7-Cre-LAK2797-16_combined.sorted.bam.bai：application/octet-stream，2.40 MB。HoxB7-Cre-LAK2797-22_combined.sorted.bam.bai：application/octet-stream，2.92 MB。数据集 DOI：10.26180/24521446.v2。
【主题与分类】
主题标签：Polycystic kidney disease 1、autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD)、JOUBERT-SYNDROME、Aurora a (AURKA)、INPP5E、PKD1 gene mutation、mouse models of disease。
【获取与许可】
源站页面：https://bridges.monash.edu/articles/dataset/Bam_and_BAI_files/24521446
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Cottle, Denny; Smyth, Ian; Shen Tham, Ming (2023). RNAseq from P4 murine whole kidneys with Polycystic Kidney Disease. Monash University. Dataset
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://bridges.monash.edu/articles/dataset/Bam_and_BAI_files/24521446/2
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含来自出生后第4天（P4）小鼠全肾组织的RNA测序数据，旨在研究多囊肾病（PKD）的分子机制。数据来源于多种基因敲除小鼠模型，包括对照（Cre）、Aurka敲除（AKO）、Inpp5e敲除（IKO）、Pkd1敲除（PKO）以及Inpp5e与Aurka双敲除（dKO-I）、Pkd1与Aurka双敲除（dKO-P）小鼠的肾脏样本。样本通过Hoxb7-cre介导的收集管特异性敲除构建，其中Inpp5e敲除模拟Joubert综合征相关多囊肾病，Pkd1敲除模拟常染色体显性多囊肾病，Aurka敲除无表型，而双敲除模型显示疾病表型缓解。数据以BAM和BAI文件格式提供，适用于基因表达分析、差异表达研究以及多囊肾病的病理机制探索。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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