2017-2020年长春地区H1N1亚型流感病毒遗传进化谱系鉴别荧光定量PCR检测方法的建立数据集
该数据集包含2017-2020年长春地区H1N1亚型流感病毒的基因序列数据，主要涉及文本模态的HA基因序列信息，通过遗传进化分析识别出四个主要谱系，并基于荧光定量PCR方法建立了谱系鉴别技术，适用于流感病毒的分子流行病学研究、疫苗匹配筛选和快速临床诊断等方向，为公共卫生防控提供科学依据。
基本信息
资源简介
2017-2020年长春地区H1N1亚型流感病毒遗传进化谱系鉴别荧光定量PCR检测方法的建立数据集
【一句话概览】
本研究基于GenBank和GISAID数据库中分离自中国的2,037条H1N1亚型流感病毒HA基因序列，通过遗传进化分析鉴定出古典猪流感病毒、季节性人流感病毒、禽流感病毒和欧亚类禽猪流感病毒4个谱系。针对各谱系HA基因保守区域设计鉴别引物，经普通PCR初筛及荧光定量PCR条件优化，建立了谱系鉴别荧光定量PCR方法，并构建各谱系阳性标准质粒。该方法检测限度达102copies/μL，标准曲线线性关系良好，且仅与对应谱系模板结合，无交叉反应，可用于快速鉴别H1N1亚型流感病毒的谱系归属（来源 agridata.cn）。
【数据内容】
源站原始描述：H1N1亚型流感病毒是A型流感病毒家族中的重要一员，位于哺乳动物感染流感病毒亚型之首，也是引发大流行性和季节性人流感的最主要亚型。近年来从禽类，尤其是在野鸟和活禽市场中H1N1病毒的分离概率有增高的趋势，由该亚型病毒所带来的公共威胁及其造成的经济损失已远远超过其他亚型流感。目前，H1N1流感病毒已经在人、哺乳动物和禽类群体中建立了相对稳定的遗传进化谱系。因此，了解H1N1流感病毒遗传演化谱系的感染和流行情况，对于我们识别流行毒株的谱系来源，明确在各个群体中流行的优势谱系，选择与流行谱系抗原性相匹配的疫苗以及筛选疫苗种毒等方面将大有裨益。本研究对来自GenBank和GISAID数据库中分离自中国的2,037条H1N1亚型流感病毒HA基因的遗传进化分析显示，该病毒已演化出4个不同的遗传进化谱系，分别是古典猪流感病毒谱系、季节性人流感病毒谱系、禽流感病毒谱系和欧亚类禽猪流感病毒谱系。基于进化树的谱系分析结果，我们对各谱系HA基因的核苷酸序列进行了比对，并选择HA基因的相对保守区域，针对每一谱系设计了多对鉴别引物，拟建立H1N1亚型流感病毒遗传进化谱系鉴别荧光定量PCR检测方法。同时，构建各谱…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：H1N1亚型流感病毒是A型流感病毒家族中的重要成员，在感染哺乳动物的流感病毒亚型中位居首位，也是引起大流行性和季节性人流感的最主要亚型。近年来，从禽类尤其是野鸟和活禽市场中分离到H1N1病毒的概率呈增高趋势，该亚型病毒带来的公共卫生威胁及其造成的经济损失已远超其他亚型流感。目前，H1N1流感病毒已在人、哺乳动物和禽类群体中建立了相对稳定的遗传进化谱系。因此，了解H1N1流感病毒遗传演化谱系的感染和流行情况，对于识别流行毒株的谱系来源、明确各群体中流行的优势谱系、选择与流行谱系抗原性相匹配的疫苗以及筛选疫苗种毒等方面具有重要意义。本研究对来自GenBank和GISAID数据库中分离自中国的2,037条H1N1亚型流感病毒HA基因进行遗传进化分析，结果显示该病毒已演化出4个不同的遗传进化谱系，分别为古典猪流感病毒谱系、季节性人流感病毒谱系、禽流感病毒谱系和欧亚类禽猪流感病毒谱系。基于进化树的谱系分析结果，我们对各谱系HA基因的核苷酸序列进行了比对，并选择HA基因的相对保守区域，针对每一谱系设计了多对鉴别引物，拟建立H1N1亚型流感病毒遗传进化谱系鉴别荧光定量PCR检测方法。同时，构建各谱系的阳性标准质粒，作为本方法的阳性标准品。本方法的建立过程简述如下：以各谱系阳性标准质粒为模板，首先利用普通PCR方法对各谱系鉴别引物进行初步筛选，随后对反应体系和反应条件进行优化。以筛选出的各谱系鉴别引物分别进行荧光定量PCR试验，通过构建标准曲线对各谱系鉴别引物进行再次筛选，并对普通PCR方法所优化的反应体系和反应条件进行校验。实验结果显示，当荧光定量PCR的反应体系为：FastStart Universal SYBR Green Master（ROX）10μL，ddH₂O 8.75μL，浓度为10μM的上/下游引物各0.5μL，5个不同拷贝数的标准品（10¹⁰copies/μL、10⁸c…
【主题与分类】
主题标签：H1N1亚型流感病毒、遗传谱系、qPCR、动物科学与动物医学、动物生物技术与繁殖、吉林省长春地区。
【获取与许可】
源站页面：https://www.agridata.cn/data.html#/datadetail?id=289500
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://www.agridata.cn/data.html#/datadetail?id=289500
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集专注于H1N1亚型流感病毒，旨在建立一种基于荧光定量PCR的遗传进化谱系鉴别方法。数据集包含从GenBank和GISAID数据库中收集的2,037条分离自中国的H1N1亚型流感病毒HA基因序列，通过遗传进化分析识别出古典猪流感病毒谱系、季节性人流感病毒谱系、禽流感病毒谱系和欧亚类禽猪流感病毒谱系等4个主要谱系。基于此，研究设计了针对各谱系的鉴别引物，构建了阳性标准质粒，优化了PCR反应体系和条件，验证了方法的敏感性和特异性。数据内容涵盖基因序列、引物设计、实验参数和检测结果，适用于流感病毒分子流行病学、疫苗研发和快速诊断技术等研究方向。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
