2017-2020年长春地区H1N1亚型流感病毒遗传进化谱系鉴别荧光定量PCR检测方法的建立数据集

该数据集包含2017-2020年长春地区H1N1亚型流感病毒的基因序列数据,主要涉及文本模态的HA基因序列信息,通过遗传进化分析识别出四个主要谱系,并基于荧光定量PCR方法建立了谱系鉴别技术,适用于流感病毒的分子流行病学研究、疫苗匹配筛选和快速临床诊断等方向,为公共卫生防控提供科学依据。

吉林大学吉林大学
国家农业科学数据中心
2021-10-15 更新
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流感病毒研究分子诊断技术

基本信息

创建/更新时间
2021-10-15

资源简介

该数据集专注于H1N1亚型流感病毒,旨在建立一种基于荧光定量PCR的遗传进化谱系鉴别方法。数据集包含从GenBank和GISAID数据库中收集的2,037条分离自中国的H1N1亚型流感病毒HA基因序列,通过遗传进化分析识别出古典猪流感病毒谱系、季节性人流感病毒谱系、禽流感病毒谱系和欧亚类禽猪流感病毒谱系等4个主要谱系。基于此,研究设计了针对各谱系的鉴别引物,构建了阳性标准质粒,优化了PCR反应体系和条件,验证了方法的敏感性和特异性。数据内容涵盖基因序列、引物设计、实验参数和检测结果,适用于流感病毒分子流行病学、疫苗研发和快速诊断技术等研究方向。

原始链接

https://www.agridata.cn/data.html#/datadetail?id=289500

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数据说明

该数据集专注于H1N1亚型流感病毒,旨在建立一种基于荧光定量PCR的遗传进化谱系鉴别方法。数据集包含从GenBank和GISAID数据库中收集的2,037条分离自中国的H1N1亚型流感病毒HA基因序列,通过遗传进化分析识别出古典猪流感病毒谱系、季节性人流感病毒谱系、禽流感病毒谱系和欧亚类禽猪流感病毒谱系等4个主要谱系。基于此,研究设计了针对各谱系的鉴别引物,构建了阳性标准质粒,优化了PCR反应体系和条件,验证了方法的敏感性和特异性。数据内容涵盖基因序列、引物设计、实验参数和检测结果,适用于流感病毒分子流行病学、疫苗研发和快速诊断技术等研究方向。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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