数据来源:流感大流行分子流行病学的实时表征
该数据集来自 Dryad,与 2009 年 H1N1 甲型流感大流行相关,包含全基因组序列数据。研究采用 Bayesian phylogenetics 模拟实时估计大流行的演化速率、出现日期和内在增长率(r0),并考察采样时间范围和数据集大小对参数估计精度与准确度的影响

基本信息
资源简介
数据来源:流感大流行分子流行病学的实时表征
Data from: Real-time characterization of the molecular epidemiology of an influenza pandemic
该数据集来自 Dryad,与 2009 年 H1N1 甲型流感大流行相关,包含全基因组序列数据。研究采用 Bayesian phylogenetics 模拟实时估计大流行的演化速率、出现日期和内在增长率(r0),并考察采样时间范围和数据集大小对参数估计精度与准确度的影响。结果显示,在首例报告后两个月、使用 100 个基因组即可准确估计参数;第二波疫情期间有害突变被清除,生长模型的选择对准确估计 r0 很重要。数据可用于流感分子流行病学实时分析与参数估计研究(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。
【数据集背景】
源站首次发布:2013。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):大流行流行病学和演化的早期表征对于确定最合适的干预措施至关重要。在 2009 年 H1N1 甲型流感大流行期间,公共数据库促进了从一开始就广泛共享遗传序列数据。我们采用 Bayesian phylogenetics 从全基因组序列中模拟实时估计大流行的演化速率、出现日期和内在增长率(r0)。我们研究采样时间范围和数据集大小对参数估计精度和准确度的影响。早在首例报告病例后两个月,即可从 100 个基因组中准确估计参数。第二波大流行期间,早期有害突变从群体中被清除,生长模型的选择对于准确估计 r0 很重要。这证明了简化
【主题与分类】
主题标签:parameter estimation、Bayesian phylogenetics、Influenza、Real-time、pandemic、A(H1N1)pdm09。本站分类:感染/流感。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.jm858
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
下载信息
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源站:https://doi.org/10.5061/dryad.jm858
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 135.2 KB。
数据说明
大流行病的流行病学和演化的早期特征描述对于确定最合适的干预措施至关重要。在2009年甲型H1N1流感大流行期间,公共数据库从一开始就促进了基因序列数据的广泛共享。我们采用贝叶斯系统发育学方法,利用全基因组序列实时估算大流行病的演化速率、出现日期和内在增长率(r0)。我们研究了采样时间范围和数据集大小对参数估计精度和准确度的影响。在首例报告病例后仅两个月,即可从100个基因组中准确估计这些参数。在第二波大流行期间,早期有害突变从人群中清除,而生长模型的选择对于准确估计r0至关重要。这表明,简单的溯祖模型在大流行病期间能够迅速为干预策略提供信息,具有实用价值。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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