蛋白质功能预测数据集

用于预测病原性细菌假定蛋白质功能的深度神经网络训练与测试数据集,包含9种细菌门类的特征向量。

suraiyajabinsuraiyajabin
GitHub
2020-10-04 更新
浏览 26
蛋白质蛋白质功能预测病原性细菌

基本信息

模态
蛋白质
创建/更新时间
2020-10-04

资源简介

该数据集包含完整的训练和测试数据,用于基于深度神经网络模型预测病原性细菌物种中假定蛋白质的功能。数据涵盖9种细菌门类的未审核假定蛋白质功能预测,以及从审核蛋白质中提取的特征向量。

原始链接

https://github.com/suraiyajabin/ProteinFunctionPredictionDataSet

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使用方式

数据集获取

git clone https://github.com/suraiyajabin/ProteinFunctionPredictionDataSet.git

curl -L -o repo.zip https://github.com/suraiyajabin/ProteinFunctionPredictionDataSet/archive/refs/heads/master.zip
unzip repo.zip

源站 README 摘录(使用方式)

ProteinFunctionPredictionDataSet

This data repository contains full Training and Test datasets for our publshed work titled “A deep neural network based model for function prediction of hypothetical proteins from pathogenic bacterial species” in the journal CBAC, Springer.
Here we put complete Training and Test dataset for people refering to our protein function prediction project designed for function prediction of unreviewed hypothetical proteins of 9 bacterial phyla namely Actinobacteria, Bacteroidetes, Chlamydiae, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, Spirochaetes and Tenericutes.
Supplementary Dataset 2: feature vectors extracted from reviewed proteins (75% of 1,71,212 reviewed proteins) of 9 Bacterial phyla.
Supplementary Dataset 3: Test Dataset 1 with feature vectors extracted from reviewed proteins (25% of 1,71,212 reviewed proteins) 9 Bacterial phyla.
Datasets are in TSV/Excel format all zipped individually.

完整仓库:github.com/suraiyajabin/ProteinFunctionPredictionDataSet

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