BAND (生物医学警报新闻数据集)

BAND数据集包含1508个新闻和警报样本及30个流行病学问题,用于疾病监测和NLP任务。

剑桥大学语言技术实验室剑桥大学语言技术实验室
arXiv
2023-10-15 更新
浏览 8
文本流行病学文本

基本信息

模态
文本
创建/更新时间
2023-10-15

资源简介

BAND数据集由剑桥大学语言技术实验室和麦吉尔大学全球健康学院共同创建,包含1508个样本,来自新闻文章、公开邮件和警报,以及30个流行病学相关的问题。该数据集旨在通过分析新闻和社交媒体数据改善疾病监测和理解疾病传播,适用于流行病学家和NLP研究者,支持命名实体识别、问答和事件抽取等任务。

原始链接

https://github.com/fuzihaofzh/BAND

arXiv 论文 →
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使用方式

数据集获取

git clone https://github.com/fuzihaofzh/BAND.git

curl -L -o repo.zip https://github.com/fuzihaofzh/BAND/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip

源站 README 摘录(使用方式)

Usage

Question Answering

Run Decoder-Only Model

./scripts/train_lm.sh lmrand base

Run Encoder-Decoder Model

./scripts/train_seq2seq.sh band_rand ptm=t5

Event Extraction

Run Encoder-Decoder Model

./scripts/train_outbreak.sh

Run Decoder-only Model

python train_lm.py name "gpt2"

Named Entity Recognition

Run Token-Based NER Model

./scripts/run_token_ner.sh

Run CRF-Based NER Model

./scripts/run_crf_ner.sh

Run Span-Based NER Model

./scripts/run_span_ner.sh

Citation

If you find our dataset or paper useful, please cite our work:

@inproceedings{band2024,
  title={BAND: Biomedical Alert News Dataset},
  author={Fu, Zihao and Zhang, Meiru and Meng, Zaiqiao and Shen, Yannan and Buckeridge, David and Collier, Nigel},
  booktitle={Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence},
  year={2024}
}

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

完整仓库:github.com/fuzihaofzh/BAND

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