感染严重程度监测：实验室诊断Clostridium difficile登记研究
该数据集来自 plos.figshare.com，配套 2012 年发表于 PLoS Medicine 的登记研究，包含 2 个补充文档
基本信息
资源简介
感染严重程度监测：实验室诊断Clostridium difficile登记研究
Surveillance of Infection Severity: A Registry Study of Laboratory Diagnosed Clostridium difficile
该数据集来自 plos.figshare.com，配套 2012 年发表于 PLoS Medicine 的登记研究，包含 2 个补充文档。研究覆盖 1998 年 2 月至 2009 年 7 月英国牛津多家医院中 5,551 例毒素阳性与 20,098 例持续毒素阴性的 Clostridium difficile 感染受检患者，采集诊断时的 28 天死亡率及血液中性粒细胞计数、尿素、肌酐等炎症生物标志物，并采用迭代序列回归（ISR）进行分析。数据可用于感染严重程度的序列监测与死亡率、炎症指标关联的回归建模研究（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Surveillance of Infection Severity: A Registry Study of Laboratory Diagnosed Clostridium difficile》发表于 PLoS Medicine（2012），DOI：10.1371/journal.pmed.1001279。源站首次发布：2012-07-31。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：背景：致病性克隆取代毒力较弱的克隆所导致的临床影响变化，是许多病原细菌物种的一个特征，且难以检测。因此，监测感染严重程度的创新技术具有潜在的临床价值。方法与发现：我们研究了 1998 年 2 月至 2009 年 7 月期间在英国牛津的一组医院中接受 Clostridium difficile 感染检测的 5,551 例毒素阳性和 20,098 例持续毒素阴性患者，并使用迭代序列回归（ISR）——一种适合对连续或二分类结局进行序列监测的新型基于 joinpoint 的回归技术——调查了诊断时收集的 28 天死亡率和炎症生物标志物（血液中性粒细胞计数、尿素和肌酐浓度）。在牛津医院的 C. difficile 毒素阳性患者中，诊断时的平均中性粒细胞计数
【数据结构与技术规格】
文件数 2 个，合计 208.90 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pmed.1001279。
【主题与分类】
源站学科分类：Biotechnology。主题标签：registry、diagnosed。本站分类：感染性疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biotechnology。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Surveillance_of_Infection_Severity_A_Registry_Study_of_Laboratory_Diagnosed_Clostridium_difficile_/121733
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Schlackow, Iryna; Sarah Walker, A.; Dingle, Kate; Griffiths, David; Oakley, Sarah; Finney, John; et al. (2016). Surveillance of Infection Severity: A Registry Study of Laboratory Diagnosed Clostridium difficile. PLOS Medicine. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-02，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Surveillance of Infection Severity: A Registry Study of Laboratory Diagnosed <em>Clostridium difficile</em>
- DOI：10.1371/journal.pmed.1001279
- 发布日期：2012-07-31
- 文件数：2 个
- 文件总体积：208.90 KB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Surveillance_of_Infection_Severity_A_Registry_Study_of_Laboratory_Diagnosed_Clostridium_difficile_/121733
命令行下载
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curl -L -o "Text_S2.doc" "https://ndownloader.figshare.com/files/312984"
文件清单
Text_S1.doc（107.01 KB）Text_S2.doc（101.89 KB）
文件总体积 208.90 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
背景
强毒力克隆取代弱毒力克隆所导致的临床影响变化，是许多致病菌种的特征，且难以检测。因此，监测感染严重程度的创新技术具有潜在的临床价值。方法与发现
我们研究了1998年2月至2009年7月期间在英国牛津地区一组医院接受艰难梭菌感染检测的5，551例毒素阳性患者和20，098例持续毒素阴性患者，并采用迭代序列回归（ISR）——一种适用于连续或二分类结局序列监测的新型基于连接点的回归技术——分析了诊断时收集的28天死亡率和炎症生物标志物（血中性粒细胞计数、尿素和肌酐浓度）。在牛津医院的艰难梭菌毒素阳性患者中，诊断时的平均中性粒细胞计数自2003年起上升，于2006–2007年达到峰值，随后下降；28天死亡率自2006年初上升，于2006年末至2007年达到峰值，随后下降。分子分型证实这些变化可能源于全球分布的艰难梭菌强毒株ST1的传入。
我们通过三种方式评估了基于ISR的严重程度监测的普适性。首先，我们评估并发现了强有力的（p结论
利用常规收集的实验室医院数据，可以建立自动电子系统，提供传染病病情严重程度变化的早期预警。在此研究所涉环境中，这些系统的性能高于那些监测死亡率的系统，至少在艰难梭菌感染中如此。此类系统对于监测医院中出现的感染可能具有更广泛的适用性。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pmed.1001279（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Surveillance_of_Infection_Severity_A_Registry_Study_of_Laboratory_Diagnosed_Clostridium_difficile_/121733）。
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