振荡方式对人肠道细菌生长的影响
七株人肠道细菌在严格厌氧条件下于96孔板中培养，采用三种振荡方式：连续双轨道振荡（200 rpm）、脉冲振荡（每次读数前以200 rpm振荡2分钟）和静置培养
基本信息
资源简介
振荡方式对人肠道细菌生长的影响
该数据集围绕人肠道细菌在不同振荡条件下的生长表现展开，英文名称为“Shaking regimes influence the growth of human gut bacteria”，归类于感染性疾病/其他方向，来源站为doi.org，由Daodu, Adedamola Godwin、Saha, Pallabita、Bravo-Ruiseco, Gabriela与Faust, Karoline共同完成，机构为Zenodo，发布时间为2026年，采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可。数据集的核心内容是：将七株人肠道细菌在严格厌氧条件下于96孔板中培养，并设置三种振荡方式——连续双轨道振荡（200 rpm）、脉冲振荡（每次读数前以200 rpm振荡2分钟）以及静置培养，以比较不同物理扰动方式对细菌生长的影响。整体而言，该数据集提供了在严格厌氧、温控与定时读数条件下获取的细菌生长动力学及相关细胞学测量信息，可用于研究培养条件对肠道细菌生长行为的调控。
【数据集背景】
人肠道细菌多生活在高度厌氧的肠道环境中，其体外培养常需要严格厌氧条件。然而，实验室中常用的96孔板培养往往伴随不同程度的振荡或静置状态，这种机械扰动可能影响细菌的分散、沉降、气体交换与营养分布，进而影响生长读数。该数据集正是针对这一问题，比较连续双轨道振荡、脉冲振荡和静置培养三种方式对七株人肠道细菌生长的影响。来源站未提供更详细的研究背景、假设或文献综述。
【数据内容】
数据集包含七株人肠道细菌在96孔板中、严格厌氧条件下的生长实验数据。实验设置三种振荡方式：连续双轨道振荡（200 rpm）、脉冲振荡（每次读数前以200 rpm振荡2分钟）和静置培养。每次运行将一块振荡板与一块静置板配对，振荡板在BMG VANTAstar读板机上于37 °C每30分钟读数一次，静置板仅在24小时读取一次。此外，对S. copri和R. intestinalis还通过流式细胞术测量了终点细胞密度。另有一项独立实验针对六个物种，将OD600与流式细胞术细胞计数进行校准。细胞形态通过革兰染色明场图像进行盲法评分，并对E. coli和B. thetaiotaomicron进行了单细胞大小测量。来源站未提供具体菌株名称、样本量、重复数或原始数据文件列表。
【采集与来源】
数据采集在严格厌氧条件下进行，使用96孔板培养七株人肠道细菌。振荡培养板在BMG VANTAstar读板机上于37 °C每30分钟读取一次，静置培养板在24小时读取一次。终点细胞密度通过流式细胞术对S. copri和R. intestinalis进行测量。OD600与流式细胞术细胞计数的校准实验覆盖六个物种。细胞形态评分基于革兰染色明场图像并采用盲法，单细胞大小测量针对E. coli和B. thetaiotaomicron。来源站为doi.org，机构为Zenodo。来源站未提供具体实验时间、地点、仪器型号细节或操作人员信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究不同振荡方式对肠道细菌生长动力学的影响，可用于比较连续振荡、脉冲振荡与静置培养条件下细菌密度读数差异。由于包含OD600与流式细胞术细胞计数的校准数据，也可用于评估OD600作为细胞密度替代指标的适用性。此外，革兰染色明场图像的盲法形态评分以及E. coli和B. thetaiotaomicron的单细胞大小测量，可用于分析培养条件对细胞形态与尺寸的影响。来源站未提供该数据集在临床诊断、药物筛选或微生物组研究中的具体应用案例。
【使用方法】
使用者可依据三种振荡方式对生长数据进行分组比较，注意振荡板每30分钟读数一次，而静置板仅在24小时读取一次，因此时间分辨率不同。终点细胞密度数据可用于验证或补充OD600读数，尤其对S. copri和R. intestinalis。OD600与流式细胞术的校准数据可用于将OD600转换为细胞计数估计，但需注意校准实验覆盖六个物种，未必适用于所有七株菌。形态评分与单细胞大小数据可用于辅助解释生长差异。来源站未提供具体的数据文件格式、字段说明或分析代码。
【质量与限制】
该数据集在严格厌氧条件下采集，并使用流式细胞术作为终点细胞密度的参考方法，同时通过盲法进行形态评分，这些设计有助于提高数据可靠性。然而，静置板仅在24小时读取一次，无法提供与振荡板相同的时间分辨率，可能限制生长曲线的完整比较。OD600校准仅覆盖六个物种，而生长实验涉及七株细菌，外推时需谨慎。来源站未提供重复次数、批次效应、缺失值处理或统计功效等信息。
【引用与许可】
该数据集英文名称为“Shaking regimes influence the growth of human gut bacteria”，作者为Daodu, Adedamola Godwin、Saha, Pallabita、Bravo-Ruiseco, Gabriela和Faust, Karoline，机构为Zenodo，发布时间为2026年，来源站为doi.org。许可为Creative Commons Attribution 4.0 International，允许在署名条件下共享与改编。来源站未提供具体的DOI编号、引用格式或数据访问链接。
下载信息
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源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23215813
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 53.8 MB。
数据说明
将七种人类肠道细菌菌株在严格厌氧条件下于96孔板中培养，采用三种振荡方式：连续双轨道振荡（200 rpm）、脉冲振荡（每次读数前以200 rpm振荡2分钟）和静置培养。每次运行将一块振荡板（在BMG VANTAstar酶标仪中于37 °C下每30分钟读数一次）与一块静置板配对，静置板仅在24小时读数一次。还对S. copri和R. intestinalis的终点细胞密度进行了流式细胞术测定。另一项独立实验针对六个物种，用流式细胞术细胞计数对OD600进行了校准。细胞形态通过革兰氏染色的明场图像进行盲法评分，并对E. coli和B. thetaiotaomicron的单细胞大小进行了测量。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
