Replication Data for: Petrisnake，改进的细菌单细胞RNA-seq计算流程

数据集获取

源站：https://doi.org/10.18710/EGMHAC

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在论文《Petrisnake，一种改进的细菌单细胞RNA-seq计算流程》中，针对来自PETRI-seq协议（Blattman等，2020）的数据，比较并基准测试了两种二级分析生物信息学流程。其中一种流程是原始的PETRI-seq流程（Blattman等，2020及Blattman等，2024，可在https://github.com/tavalab/PETRI-seq-persistence获取），另一种则是本文介绍的Petrisnake流程（可在https://github.com/yaccos/Petrisnake和https://workflowhub.eu/workflows/2081获取）。基准测试是在一个指数期大肠杆菌细胞的PETRI-seq样本上进行的（Yan等，2024），该样本可在NCBI上通过登录号SRR28148450获取。出于大小方面的考虑，该原始序列数据未附在本仓库中，因此若想重新运行基准测试，必须单独下载。本仓库包含来自两种流程的输出数据文件，如基因计数矩阵和UMI计数表，以及生成的日志文件。这些文件均按原样保存，并提供了部分图表的存档友好格式。

为比较两条流程的结果，论文中包含一个多面板图，用于对比两条流程的输出（comparison.pdf）。本仓库包含一个R脚本，该脚本利用流程的输出数据生成上述图表。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。