囊性纤维化与健康支气管肺泡灌洗液中APOC2和IFI27单细胞RNA测序鉴定四种肺泡巨噬细胞超级簇
数据可用于研究肺泡巨噬细胞异质性、比较囊性纤维化与健康状态的转录组差异，以及探索相关基因表达特征。本站将其归入感染性疾病 / 其他分类（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
囊性纤维化与健康支气管肺泡灌洗液中APOC2和IFI27单细胞RNA测序鉴定四种肺泡巨噬细胞超级簇
PRJNA797951 是一个围绕肺泡巨噬细胞转录组特征展开的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）研究项目，其英文全称为“ScRNA-seq Expression of APOC2 and IFI27 Identifies Four Alveolar Macrophage Superclusters in Cystic Fibrosis and Healthy BALF”。该项目通过分析 APOC2 与 IFI27 的基因表达特征，在囊性纤维化患者与健康供者的支气管肺泡灌洗液（BALF）中鉴定出四个肺泡巨噬细胞超级簇。数据集在 NCBI BioProject 中以编号 797951 登记，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，本站将其归入“感染性疾病 / 其他”分类。整体而言，该数据可用于研究肺泡巨噬细胞的异质性、比较囊性纤维化与健康状态之间的转录组差异，并探索相关基因的表达特征。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而汇集的一组生物学数据，这些数据来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个统一的入口，用以查找该项目所产生的多种类型的数据。本项目聚焦于囊性纤维化与健康状态下支气管肺泡灌洗液中肺泡巨噬细胞的单细胞转录组，借助 APOC2 和 IFI27 的表达特征识别出四个肺泡巨噬细胞超级簇，属于感染性疾病相关研究范畴。
【数据内容】
该数据集的核心内容为单细胞 RNA 测序表达数据，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。研究关注的是肺泡巨噬细胞，样本来源为囊性纤维化患者与健康供者的支气管肺泡灌洗液（BALF）。通过 APOC2 与 IFI27 的表达，研究识别出四个肺泡巨噬细胞超级簇。关于数据的具体样本数量、测序深度、细胞数目、基因数目以及数据文件格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，登记于 NCBI BioProject 数据库，项目编号为 797951。项目英文名称明确指向囊性纤维化与健康 BALF 中肺泡巨噬细胞的单细胞 RNA 测序表达研究。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息、受试者招募细节以及测序平台等，源站未提供。
【适用场景】
该数据可用于研究肺泡巨噬细胞异质性，比较囊性纤维化与健康状态之间的转录组差异，以及探索相关基因的表达特征。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，其典型用途包括基因表达分析、细胞亚群鉴定与转录组比较研究。本站将其归入“感染性疾病 / 其他”分类，提示其可服务于感染性疾病相关的基础研究。关于该数据在其他具体疾病或临床场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 797951）查找该项目所关联的多种数据类型。BioProject 记录提供了单一入口，便于定位该项目生成的数据。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具与参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据登记于 NCBI BioProject，属于公开的生物学数据汇集记录。关于数据质量评估指标、批次效应、测序质量分数、细胞过滤标准以及潜在偏差等，源站未提供。使用时应结合原始项目记录自行判断数据的适用性。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，登记号为 BioProject ID 797951。关于具体的引用格式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA797951
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肺泡巨噬细胞（AMs）位于气道和肺泡的腔面，通过吞噬细胞碎片和病原体以及调节炎症反应来确保正常的气体交换。因此，了解AMs、间质巨噬细胞和募集单核细胞所表现出的异质性及其多样作用对于治疗气道疾病至关重要。我们对来自4名健康受试者和3名无炎症的囊性纤维化受试者的113,213个支气管肺泡灌洗细胞进行了单细胞RNA测序，并基于IFI27和APOC2的基因表达，鉴定出两种MARCKS+LGMN+间质巨噬细胞（IMs）、FOLR2+SELENOP+和SPP1+PLA2G7+ IMs、单核细胞亚型、DC1、DC2、迁移性树突状细胞（migDCs）、浆细胞样树突状细胞（pDCs）、淋巴细胞、上皮细胞以及四个AM超级簇（家族）。这四个AM家族至少有八个不同的功能成员（亚簇），以其差异表达基因命名：IGF1、CCL18、CXCL5、胆固醇、趋化因子、金属硫蛋白、干扰素和小簇AMs。有趣的是，趋化因子簇进一步细分，每个亚簇选择性表达一种独特的趋化因子组合。
除了异质性之外，最引人注目的观察之一是AM家族成员在所有AM超级集群和个体中保持相对相等的比例。转录数据和TotalSeq技术被用于研究区分常驻AMs与招募单核细胞的细胞表面标志物。最后，其他AM数据集被投影到我们的数据集上。观察到相似的AM超级集群和功能亚集群，以及在感染COVID-19的个体中趋化因子和IFN AM亚集群的显著增加。总体而言，AM亚集群的功能特化表明存在高度调控的AM微环境，具有明确的编程状态，突出了明确的分工。总体设计：我们对来自四名健康供体和三名CF受试者的113，213个BAL细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）。Trans
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
