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创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

CARD9相关Dectin-1和Dectin-2在抗波萨达斯球孢子菌多价疫苗保护性免疫中的作用

PRJNA550079 是一项来自 NCBI 的转录组或基因表达数据集，归类于感染性疾病 / 其他方向。该数据集围绕多价疫苗对抗球孢子菌（Coccidioides posadasii）感染的 protective immunity 研究展开，标题提示 CARD9 相关的 Dectin-1 与 Dectin-2 在该保护性免疫中具有必需作用。数据通过 Illumina HiSeq 3000 平台以 50 bp 单端测序模式产生，并经过预处理、比对至小鼠 GRCm38（mm10）参考基因组、差异表达分析、Gene Ontology 分析及可视化等流程。整体设计涉及骨髓来源巨噬细胞（BMMs）与 GCP-rCpa1 以 50:1 比例共孵育 12 小时（5% CO2）的处理条件。该数据集适合关注真菌感染免疫、疫苗保护机制以及宿主巨噬细胞转录应答的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站分类为感染性疾病 / 其他。其研究背景聚焦于多价疫苗对抗 Coccidioides posadasii 感染的保护性免疫机制，标题明确指出 CARD9 相关的 Dectin-1 和 Dectin-2 在该保护性免疫中是必需的。这一背景将转录组数据置于宿主抗真菌免疫应答的研究框架内，尤其是与 C 型凝集素受体信号通路相关的免疫保护问题。数据集整体设计涉及 BMMs 与 GCP-rCpa1 的共孵育处理，说明其关注的是疫苗抗原刺激下巨噬细胞的基因表达变化。

【数据内容】

数据内容属于转录组或基因表达数据。测序在 Illumina HiSeq 3000 平台上完成，采用 50 bp 单端读长模块。源站描述显示，测序读段先通过 CLC Genomics workbench 中的 Trim Sequences 工具进行预处理，剩余读段再利用该工作台的 RNA-Seq Analysis 模块比对到小鼠 GRCm38（mm10）参考基因组。为确定差异表达基因，在过滤低表达基因后采用 edgeR 包进行 exact test；低表达过滤标准为 counts per million 小于 1 且在数据集中超过三个样本中出现。随后使用 DAVID 进行 Gene Ontology（GO）分析，并通过 GOplot 进行可视化。整体设计方面，BMMs 与 GCP-rCpa1 以 50:1 的比例在 5% CO2 条件下孵育 12 小时；源站描述在“BMMs incubated with”处截断，后续对照或处理细节未完整给出。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述指出，测序文库制备与测序分析均在 UT Health San Antonio 的 Genomics Core 完成，使用 Illumina HiSeq 3000 平台（50 bp 单端读长模块）。数据预处理、比对、差异表达分析、GO 分析及可视化分别借助 CLC Genomics workbench、edgeR、DAVID 和 GOplot 完成。样本层面的具体采集地点、时间、伦理审批等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于感染性疾病领域的转录组或基因表达研究，尤其适合关注 Coccidioides posadasii 感染背景下多价疫苗保护性免疫机制的分析。由于涉及 BMMs 与 GCP-rCpa1 共孵育后的基因表达谱，可用于研究巨噬细胞在疫苗抗原刺激下的差异表达基因、GO 功能富集以及 CARD9 相关 Dectin-1/Dectin-2 信号通路的作用。也可作为真菌感染免疫、疫苗免疫原性以及宿主-病原互作研究中转录组层面的参考数据。

【使用方法】

使用时可参考源站描述的分析流程：先对测序读段进行 trimming 预处理，再比对到小鼠 GRCm38（mm10）参考基因组，随后过滤低表达基因（CPM 小于 1 且在超过三个样本中出现），利用 edgeR 进行 exact test 以鉴定差异表达基因，最后通过 DAVID 开展 GO 分析并用 GOplot 可视化。研究者可根据自身研究问题，在此基础上进行通路分析、候选基因筛选或与其它感染免疫转录组数据的比较。具体样本分组、重复数及原始数据下载方式，源站未提供。

【质量与限制】

源站描述提供了测序平台、读长模式、预处理工具、参考基因组版本、差异表达分析方法及低表达过滤标准，这些信息有助于评估分析流程的可重复性。但源站描述在整体设计部分于“BMMs incubated with”处截断，未完整说明对照设置、样本数量、重复结构及完整处理条件。此外，样本采集、伦理审批、原始数据质量控制指标（如测序深度、比对率）等信息源站未提供。因此，在复用该数据集时需注意这些信息缺口，避免对实验设计作出超出源站描述的推断。

【引用与许可】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA550079: CARD9-associated Dectin-1 and Dectin-2 are Required for Protective Immunity of a Multivalent Vaccine Against Coccidioides posadasii Infection。源站描述中提及 edgeR、DAVID 和 GOplot 等方法学工具及其对应文献，但数据集本身的引用方式与许可条款源站未提供。使用者在引用或再利用前应查阅 NCBI 源站页面以获取授权与引用要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE133140

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA550079

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

测序文库的制备及使用Illumina HiSeq 3000平台（50 bp单端读取模块）进行的测序分析，均在UT Health San Antonio的基因组学核心实验室完成。测序读段通过CLC Genomics Workbench中的Trim Sequences工具进行预处理。随后，剩余读段利用CLC Genomics Workbench的RNA-Seq Analysis模块比对至小鼠GRCm38（mm10）参考基因组。为确定差异表达基因，在使用edgeR软件包（Robinson, McCarthy et al. 2010）过滤低表达基因（数据集中超过三个样本的每百万计数小于1）后，进行了精确检验。基因本体（GO）分析采用DAVID（Dennis, Sherman et al. 2003）完成，并通过GOplot（Walter, Sanchez-Cabo et al. 2015）进行可视化。总体设计：BMMs以50:1的比例与GCP-rCpa1在5% CO2条件下共孵育12小时。以PBS孵育的BMMs作为对照。使用Qiagen RNeasy试剂盒从BMMs细胞中提取总RNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别