PRJNA380343：从单细胞RNA-seq靶向重建T细胞受体序列将CDR3长度与T细胞分化状态关联
该数据集来自NCBI，主题为转录组或基因表达，属于感染性疾病/其他分类。源站描述介绍TRAPeS工具，可从短读长单细胞RNA-seq文库中高效提取T细胞受体序列信息，并应用于研究人类和小鼠CD8+ T细胞应答的异质性，显示其准确且比现有方法更敏感
基本信息
资源简介
PRJNA380343：从单细胞RNA-seq靶向重建T细胞受体序列将CDR3长度与T细胞分化状态关联
PRJNA380343 数据集来自 NCBI，主题为转录组或基因表达，在本站归入感染性疾病/其他分类。该数据集围绕一项从单细胞 RNA 测序数据中靶向重建 T 细胞受体序列的研究展开，其核心是名为 TRAPeS 的公开可用工具。源站描述指出，T 细胞区室必须在 T 细胞受体库和细胞状态两方面保持多样性，才能对病原体提供有效免疫，但 TCR 差异如何促成 T 细胞状态异质性仍不清楚。单细胞 RNA 测序可同时测量单细胞的 TCR 序列和全局转录谱，而现有 TCR 推断方法灵敏度有限且需要长测序读长，增加了成本并减少了可分析细胞数量。TRAPeS 能够从短读长单细胞 RNA-seq 文库中高效提取 TCR 序列信息，并被应用于研究人类和小鼠 CD8+ T 细胞应答的异质性，结果显示其准确且比现有方法更敏感。
【数据集背景】
该数据集对应的研究关注免疫学中的一个基本问题：T 细胞区室需要同时在 T 细胞受体库和细胞状态上保持多样性，才能有效抵御病原体，但 TCR 序列差异如何贡献于 T 细胞状态的异质性尚不清楚。单细胞 RNA 测序技术使同时获取单个细胞的 TCR 序列与全局转录谱成为可能，然而当时从 scRNA-seq 数据推断 TCR 的方法在灵敏度上存在局限，并且依赖长测序读长，这会提高成本、减少可实际分析的细胞数量。正是在这一背景下，研究者提出了 TRAPeS 工具，用于从短读长单细胞 RNA-seq 文库中高效提取 TCR 序列信息，并将该数据集用于展示和验证这一方法。
【数据内容】
该数据集的主题标签为转录组或基因表达，属于感染性疾病/其他分类。源站描述表明，数据集所支撑的研究内容涉及从单细胞 RNA-seq 数据中靶向重建 T 细胞受体序列，并建立 CDR3 长度与 T 细胞分化状态之间的联系。研究应用 TRAPeS 考察了人类和小鼠 CD8+ T 细胞应答中的异质性。关于样本数量、测序平台、数据文件类型与具体规模等信息，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述显示，其数据基础是单细胞 RNA-seq 文库，TRAPeS 被设计用于从短读长 scRNA-seq 文库中提取 TCR 序列信息。研究涉及人类和小鼠的 CD8+ T 细胞应答。关于具体采样组织、受试者信息、建库流程与测序参数等细节，源站未提供。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集及相关工具适用于从单细胞 RNA-seq 数据中同时获取 TCR 序列信息和全局转录谱的研究场景，尤其是需要在短读长测序条件下高效提取 TCR 序列、并控制成本与分析细胞数量的情形。其应用示例包括研究人类和小鼠 CD8+ T 细胞应答的异质性，以及探讨 TCR 特征（如 CDR3 长度）与 T 细胞分化状态之间的关联。关于其他具体应用场景，源站未提供。
【使用方法】
源站描述指出，TRAPeS 是一个公开可用的工具，能够从短读长单细胞 RNA-seq 文库中高效提取 TCR 序列信息。关于该数据集的具体下载方式、文件组织、运行参数与操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
源站描述称，将该工具应用于人类和小鼠 CD8+ T 细胞应答异质性研究时，结果显示其准确且比现有方法更敏感。描述同时指出，现有 TCR 推断方法灵敏度有限且需要长测序读长，从而增加成本并减少可分析细胞数量，而 TRAPeS 针对的正是这些限制。关于该数据集本身的质量评估指标、误差范围与已知局限，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA380343
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
T细胞库必须在T细胞受体（TCR） repertoire和细胞状态两方面保持多样性，才能提供针对病原体的有效免疫。然而，TCR差异如何促成T细胞状态的异质性，目前仍不清楚。单细胞RNA测序（scRNA-seq）能够同时测量单个细胞的TCR序列和全局转录谱。然而，当前从scRNA-seq推断TCR的方法在灵敏度上有限，且需要长测序读长，从而增加了成本并减少了可实际分析的细胞数量。我们提出了TRAPeS，这是一个公开可用的工具，能够从短读长scRNA-seq文库中高效提取TCR序列信息。我们将其应用于研究人类和小鼠CD8+ T细胞应答中的异质性，并表明它准确且比现有方法更灵敏。
将TRAPeS与针对黄热病毒（YFV）单一表位的CD8+ T细胞转录组分析相结合，我们发现近期描述的“类初始”记忆群体具有显著更长的CDR3区域，且与效应记忆表型细胞相比，其与胚系序列的差异更大。这表明TCR的使用与针对YFV的CD8+ T细胞反应的分化状态相关。总体设计：我们将TRAPeS应用并测试于来自一系列CD8+ T细胞反应的scRNA-seq数据。选择这些数据集时，既包括了小鼠和人的CD8+ T细胞，也包括了预期具有不同TCR复杂度的细胞。在小鼠中，我们使用了淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染模型，并分析了响应急性或慢性感染的CD8+ T细胞（分别使用LCMV的Armstrong株和Clone 13株）。在健康人类受试者中，我们分析了初始CD8+ T细胞、效应记忆CD8+ T细胞以及由CMV感染引发的抗原特异性CD8+ T细胞；接种减毒活黄热病疫苗
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
