SSN-1细胞NNV感染转录组分析与差异基因表达数据集
该数据集来自NCBI，包含SSN-1细胞在RGNNV接种前及感染后3天、5天的RNA-seq数据，每个时间点设两个生物学重复
基本信息
资源简介
SSN-1细胞NNV感染转录组分析与差异基因表达数据集
该数据集为 NCBI 收录的转录组研究数据，英文名称为“PRJNA1541742: Transcriptomic profiling and differential gene expression analysis of SSN-1 cells following NNV infection”，本站归类于感染性疾病 / 其他。研究聚焦神经坏死病毒（Nervous necrosis virus, NNV）——一种对养殖鱼类具有重要危害的病毒性病原。研究者以 SSN-1 细胞为对象，采集了赤点石斑鱼神经坏死病毒（red-spotted grouper nervous necrosis virus, RGNNV）接种前以及感染后 3 天和 5 天三个时间点的 RNA-seq 数据，每个时间点设置两个生物学重复。测序读段比对到条纹鳢（Channa striata）参考基因组，用于基因水平表达定量、差异基因表达分析和 KEGG 通路富集分析，为研究 RGNNV 感染过程中宿主的时间序列响应提供了数据资源。
【数据集背景】
神经坏死病毒是养殖鱼类的重要病毒性病原，其感染对宿主细胞转录组的影响是理解致病机制的关键环节。该研究以 SSN-1 细胞为体外模型，围绕 RGNNV 感染过程开展转录组分析，旨在刻画感染前后宿主基因表达的变化轨迹。数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，属于转录组与基因表达研究范畴，本站分类归入感染性疾病 / 其他。
【数据内容】
数据为 RNA-seq 测序数据，覆盖三个时间点：RGNNV 接种前（即感染前基线）、感染后 3 天、感染后 5 天。每个时间点包含两个生物学重复。基于这些测序读段，研究完成了基因水平表达定量、差异基因表达分析以及 KEGG 通路富集分析。数据的具体样本数量、测序平台、读段长度、数据量等细节，源站未提供。
【采集与来源】
样本为 SSN-1 细胞，在 RGNNV 接种前以及接种后 3 天和 5 天分别采集。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于细胞培养条件、病毒接种剂量、RNA 提取方法、建库策略等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 RGNNV 感染过程中宿主细胞的时间序列转录组响应，可用于分析感染前与感染后不同时间点的基因表达差异、识别差异表达基因、开展 KEGG 通路富集分析，进而探讨病毒与宿主相互作用的分子机制。对于鱼类病毒病感染性疾病相关研究，该数据可作为转录组层面的参考资源。其他潜在应用场景源站未提供。
【使用方法】
使用时可基于基因水平表达定量结果进行差异表达分析，并结合 KEGG 通路富集结果解读感染后 3 天和 5 天相对感染前基线的变化。由于读段比对到 Channa striata 参考基因组，分析时需注意参考基因组与 SSN-1 细胞来源物种的对应关系。数据下载方式、文件格式、分析流程参数等，源站未提供。
【质量与限制】
数据集在每个时间点设置两个生物学重复，具备基本的重复性设计。关于测序深度、数据质量评估、批次效应、重复间一致性等质量指标，源站未提供。该数据为体外细胞模型研究，向体内感染过程的推广需谨慎；其他限制信息源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1541742
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
神经坏死病毒（NNV）是养殖鱼类的重要病毒性病原体。本研究从SSN-1细胞中采集了RNA-seq数据，采集时间点分别为接种红点石斑鱼神经坏死病毒（RGNNV）之前即刻，以及感染后3天和5天，每个时间点设两个生物学重复。测序reads比对至线鳢（Channa striata）参考基因组，用于基因水平表达定量、差异基因表达分析及KEGG通路富集分析。该数据集为研究RGNNV感染过程中宿主的时间序列应答提供了资源。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
