PRJNA1164325：PBMC来源的病原体类别特异性转录反应可准确区分真菌、细菌和病毒感染[验证队列]
该数据集来自 NCBI，属于感染性疾病转录组研究，包含体外人类 PBMC 经细菌（革兰阳性与革兰阴性）、病毒（4 株流感病毒）和真菌（隐球菌与念珠菌）刺激后的 Affymetrix 微阵列基因表达数据，并应用于急性感染患者外周血样本的验证队列
![PRJNA1164325: Pathogen Class-specific Transcriptional Responses Derived from PBMCs Accurately Discriminate Between Fungal, Bacterial, and Viral Infections [ValidationCohort]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/137066.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1164325：PBMC来源的病原体类别特异性转录反应可准确区分真菌、细菌和病毒感染[验证队列]
PRJNA1164325 是一个来自 NCBI 的感染性疾病转录组数据集，全称为“Pathogen Class-specific Transcriptional Responses Derived from PBMCs Accurately Discriminate Between Fungal, Bacterial, and Viral Infections [ValidationCohort]”。该数据集围绕宿主基因表达反应在急性感染病因判定中的应用展开：研究者以细菌、病毒和真菌刺激人外周血单核细胞（PBMC），利用微阵列分析差异基因表达，进而推导针对不同病原体类别的基因表达分类器，并将 PBMC 来源的各类病原体特征应用于急性感染患者外周血样本的验证队列。数据集主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站归类为感染性疾病 / 其他。
【数据集背景】
宿主基因表达反应可用于判断急性感染的病因，这是该数据集所依托的研究出发点。传统病原学诊断往往依赖培养或分子检测，而宿主转录组反应能够反映机体对不同类型病原体的整体应答模式。该研究通过体外刺激人 PBMC，分别模拟细菌、病毒和真菌感染条件，再借助微阵列技术获取差异基因表达谱，从中提取病原体类别特异的基因表达分类器。验证队列则聚焦于真实临床场景，即急性病毒、细菌或真菌感染患者的外周血样本，用以检验上述分类器的判别能力。
【数据内容】
数据集包含体外人类 PBMC 在多种病原体刺激下的 Affymetrix 微阵列基因表达数据。刺激物覆盖三类病原体：细菌包括革兰阳性与革兰阴性两类；病毒包括 4 株流感病毒；真菌包括隐球菌与念珠菌。暴露后的细胞被用于差异基因表达分析，以推导病原体类别特异的表达分类器。此外，数据集还涉及将这些 PBMC 来源的特征应用于急性感染患者外周血样本的验证队列数据。主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心数据为转录组或基因表达信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。根据源站描述，研究设计包括体外人类 PBMC 挑战实验与临床验证两部分：体外部分以细菌、病毒和真菌刺激 PBMC，并采用 Affymetrix 微阵列分析差异基因表达；验证部分则采集人类急性病毒、细菌或真菌感染患者的外周血样本。源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批信息及具体样本量等细节。
【适用场景】
该数据集适用于感染性疾病病因判别相关的转录组研究，尤其是探索宿主基因表达特征能否区分真菌、细菌与病毒感染的场景。其体外 PBMC 刺激数据可用于病原体类别特异表达特征的发现与分类器构建，患者外周血验证数据则可用于评估这些特征在真实急性感染样本中的判别表现。此外，也可用于比较不同病原体类别（革兰阳性与革兰阴性细菌、多株流感病毒、隐球菌与念珠菌）所诱发的宿主转录反应差异。
【使用方法】
使用时可依据源站提供的微阵列基因表达数据，分别分析各病原体刺激条件下的差异表达基因，并据此构建病原体类别特异的分类器；随后将 PBMC 来源的特征应用于急性感染患者外周血样本的验证队列，以检验分类器的判别效果。具体的数据下载方式、预处理流程、归一化方法及分析参数，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 Affymetrix 微阵列平台，其表达谱为转录组层面的基因表达信息。体外 PBMC 刺激实验与临床患者外周血样本属于不同实验体系，将体外来源的特征应用于临床验证队列时需考虑两者之间的系统差异。源站未提供样本量、数据质量评估指标、缺失值情况或批次效应处理等信息，相关质量与限制细节无法进一步说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1164325
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
宿主基因表达反应可用于确定急性感染的病因。用细菌、病毒和真菌刺激物刺激PBMC，然后利用微阵列分析差异基因表达，以推导感染病原体类别特异性基因表达分类器。验证队列：急性病毒、细菌或真菌感染人类患者的外周血样本。总体设计：用细菌（革兰氏阳性和革兰氏阴性）、病毒（4株流感病毒）和真菌（隐球菌和念珠菌）进行体外人类PBMC攻击实验。随后利用Affymetrix微阵列分析暴露的人类细胞的差异基因表达，以推导病原体类别特异性基因表达分类器。将每种病原体的PBMC来源特征应用于来自因相同大类病原体导致急性感染的人类患者外周血样本的数据集。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
