PRJNA101297：埃博拉病毒感染的非人灵长类PBMC

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA101297

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

埃博拉病毒（EBOV）感染可引发暴发性且往往致命的出血热。为了增进我们对EBOV致病机制及EBOV与宿主相互作用的理解，我们研究了EBOV体内感染的分子特征。采用自行点制的cDNA微阵列，我们分析了感染EBOV的非人灵长类动物（NHP）连续血液样本中的全基因组宿主表达模式。参考实验设计类型是将所有样本与共同参考样本进行比较。关键词：参考设计。总体设计：非人灵长类动物（食蟹猕猴）的埃博拉感染。我们从15只肌肉注射1000个蚀斑形成单位（PFUs）EBOV扎伊尔株的食蟹猕猴中，连续采集外周血单核细胞（PBMC）样本。为确定稳健的基线，于感染前第1、4或6天采集外周血样本（2.5mL），随后在感染后连续每日采集，直至死亡（安乐死前即刻）。动物分别在感染后第1、2、3、4、5和6天实施安乐死。

PBMC在感染后所示天数收集，保存于Trizol中，经Trizol提取总RNA，进行1轮扩增（Ambion MessageAmp I），在扩增RNA逆转录过程中通过Cy5掺入直接标记。每份血液样本均与共同参考样本杂交。所有样本使用同一参考样本——Stratagene Universal Human Reference RNA，进行1轮扩增（Ambion MessageAmp I），在扩增参考RNA逆转录过程中通过Cy3掺入直接标记。每只动物取感染前样本2至3个生物学重复，感染后各天取2至9个生物学重复（来自不同动物）。该数据集共包含50张芯片，代表15只动物。使用回归相关性

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。