流感病毒组织嗜性与种群水平生殖适应度的关联

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Linking Influenza Virus Tissue Tropism to Population-Level Reproductive Fitness
• DOI：10.1371/journal.pone.0043115
• 发布日期：2012-08-28
• 文件数：3 个
• 文件总体积：775.17 KB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Linking_Influenza_Virus_Tissue_Tropism_to_Population_Level_Reproductive_Fitness/120679

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文件清单

• Figure_S1.doc（179.71 KB）
• Figure_S2.doc（289.28 KB）
• Figure_S3.doc（306.18 KB）

文件总体积 775.17 KB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

流感病毒的组织嗜性定义了支持病毒复制的宿主细胞和组织，并有助于决定人类呼吸道中哪些区域受到感染。流感病毒感染沿呼吸道的位置是病毒致病性和传播性的关键决定因素，而这两者是人群中流感负担的基础。由于流感病毒的致病性和传播性最终决定了其在种群水平上的生殖适合度，强大的选择压力将塑造出使适合度最大化的流感病毒组织嗜性。目前，对宿主内流感病毒组织嗜性与种群水平生殖适合度之间的关系了解甚少。塑造组织嗜性并由此影响流感病毒感染沿呼吸道位置的选择压力和限制因素尚未得到充分表征。

我们运用数学模型，将空间结构化的 人呼吸道内宿主内感染动态与宿主间传播动态相联系，旨在刻画流感病毒组织嗜性可能受到的选择压力。结果表明，由呼吸道独特结构所导致的病毒清除、病毒致病性或两者兼有的空间异质性，可能驱动最优受体结合亲和力——即在群体水平上最大化流感病毒繁殖适应度——朝向与半乳糖α2,6连接的唾液酸。呼吸道更深部扩大的细胞库，结合较低的清除率，可能导致最优感染率——同样在群体水平上最大化流感病毒繁殖适应度——呈现向呼吸道更深区域递减的趋势。最后，既存免疫可能驱动流感病毒组织嗜性朝向呼吸道上部区域。所提出的框架为人类流感病毒进化与流行病学动态的跨尺度研究提供了新模板。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0043115（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Linking_Influenza_Virus_Tissue_Tropism_to_Population_Level_Reproductive_Fitness/120679）。