与腹泻仔猪相关的猪萨佩罗病毒基因组流行病学、进化与传播动力学

数据集获取

源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.32832937.v2

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数据说明

猪萨佩罗病毒（PSV）在猪肠道疾病复合体中的检出率日益升高，但其进化动态和传播模式仍缺乏充分表征。本研究分析了2015年至2022年间从腹泻仔猪采集的327份粪便样本，发现中国东北地区存在PSV的持续检出。由于在该数据集中PSV是在混合肠道病毒感染的背景下被检出的，我们的数据尚不能确立PSV作为腹泻独立致病因子的地位。对全球流行PSV毒株的比较全基因组和进化分析揭示了显著的遗传多样性，在非洲和日本数据集中观察到更高的短期替代率估计值。在中国，毒株间的基因重组似乎是病毒多样化的另一驱动因素。时间进化分析表明中国境内存在动态而复杂的进化格局。系统地理学重建在现有基因组数据集中识别出多个推定传播节点，提示PSV谱系存在广泛的地理传播，但未能确定明确的源-汇关系。

这些发现增进了我们对PSV基因组流行病学的理解，并为猪群中PSV及其他腹泻相关病毒的分子监测提供了有用信息。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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