数据来源：HIV是否短视？多毒株嵌套模型的启示

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.cf3r1

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 49.0 KB。

数据说明

病原体在种群水平上演化的一个重要组成部分是宿主内的演化。除非宿主内的演化相对于感染持续时间非常缓慢，否则病原体基因型在宿主内的组成很可能在感染过程中发生变化，从而随着感染的进展改变可用于传播的基因型组成。我们开发了一种嵌套建模方法，通过明确考虑多个竞争性毒株的宿主内演化动态以及传播时机，使我们能够在流行病学层面上追踪病原体的演化。我们利用该框架研究了短视的宿主内演化对HIV毒力演化的影响，发现宿主内适应性景观的拓扑结构决定了毒力在流行病学层面上如何演化。如果病毒复制率在感染过程中显著增加，病毒种群将演化出高水平的毒力，即使这会降低病毒的传播潜力。

然而，如果按照数据显示的那样，繁殖率增长更为温和，我们的模型预测，HIV的毒力将仅略高于使病毒传播潜力最大化的水平。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。