PXD004002：沙门氏菌分泌效应蛋白的宿主靶点
该数据集来自 ebi.ac.uk，主题为沙门氏菌分泌效应蛋白的宿主靶点，属于感染与胃肠道感染分类。数据通过亲和纯化结合质谱的方法，鉴定被沙门氏菌分泌效应蛋白靶向的小鼠蛋白，涉及III型分泌系统与效应蛋白等关键词，物种为 Mus musculus（小鼠）
基本信息
资源简介
PXD004002：沙门氏菌分泌效应蛋白的宿主靶点
PXD004002 是一个以“沙门氏菌分泌效应蛋白的宿主靶点”为主题的蛋白质组学数据集，来源于 ebi.ac.uk，在分类上归属于感染 / 胃肠道感染方向。该数据集围绕沙门氏菌通过其分泌系统向宿主细胞递送效应蛋白的过程，利用亲和纯化结合质谱的技术路线，鉴定被这些效应蛋白靶向的小鼠蛋白。相关主题标签包括宿主靶点、III 型分泌系统、效应蛋白等，涉及的物种为 Mus musculus（小鼠）。整体而言，该数据集为研究沙门氏菌感染过程中效应蛋白与宿主蛋白之间的相互作用提供了质谱层面的实验数据基础，适用于感染生物学、宿主-病原互作以及细菌分泌系统相关研究场景。
【数据集背景】
沙门氏菌是一种重要的感染性病原体，其致病过程与多种分泌系统密切相关，其中 III 型分泌系统在向宿主细胞递送效应蛋白方面发挥关键作用。效应蛋白进入宿主细胞后，往往通过靶向特定的宿主蛋白来干扰或调控宿主细胞的正常功能，从而促进感染与定植。因此，系统性地鉴定这些效应蛋白所作用的宿主靶点，对于理解沙门氏菌的致病机制具有重要意义。该数据集正是围绕这一科学问题构建，聚焦于沙门氏菌分泌效应蛋白的宿主靶点鉴定，所属分类为感染 / 胃肠道感染，物种背景为小鼠。
【数据内容】
该数据集的核心内容是鉴定被沙门氏菌分泌效应蛋白靶向的小鼠蛋白。根据源站描述，其目标是通过亲和纯化结合质谱的方法，识别小鼠体内与沙门氏菌分泌效应蛋白相互作用的蛋白。主题标签涵盖宿主靶点、III 型分泌系统、效应蛋白，以及物种信息 Mus musculus（mouse）。这些标签从不同角度概括了数据集所涉及的研究对象与生物学过程。关于数据集中具体包含多少种蛋白、多少条相互作用记录、样本数量、实验重复次数等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk。源站描述指出，其采集方式为亲和纯化后接质谱分析，用于鉴定被沙门氏菌分泌效应蛋白靶向的小鼠蛋白。亲和纯化通常用于富集与目标效应蛋白结合的宿主蛋白，而质谱则用于对这些富集到的蛋白进行鉴定。该数据集在分类上属于感染 / 胃肠道感染，物种为 Mus musculus（小鼠）。关于具体的实验流程、细胞或组织来源、质谱仪器型号、色谱条件等更详细的采集信息，源站未提供。
【适用场景】
基于其主题与内容，该数据集可适用于以下研究方向：沙门氏菌感染机制研究、III 型分泌系统效应蛋白功能研究、宿主-病原蛋白互作研究、宿主靶点筛选与验证，以及感染与胃肠道感染相关的蛋白质组学分析。研究人员可以将该数据集作为候选宿主靶点的参考来源，结合其他实验手段进一步验证特定效应蛋白与宿主蛋白之间的相互作用。关于该数据集是否适用于临床样本分析、药物靶点开发或跨物种比较等更具体的应用，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 ebi.ac.uk 获取。关于具体的数据下载方式、文件格式、检索接口、是否提供原始质谱数据或处理后数据、是否需要特定工具进行解析等信息，源站未提供。因此，使用该数据集时，建议依据来源站提供的实际说明进行操作。关于数据的具体使用步骤与配套软件，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于亲和纯化结合质谱的方法鉴定宿主靶点，这一技术路线通常能够提供候选相互作用蛋白列表，但关于该数据集的具体质量控制指标、假阳性率、覆盖度、灵敏度与特异性等信息，源站未提供。此外，该数据集涉及的物种为小鼠，关于其结果是否可直接外推至人类或其他物种，源站未提供。关于数据集的样本量、重复性、统计分析方法等影响数据可靠性的关键信息，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。如需引用或使用该数据集，建议查阅来源站 ebi.ac.uk 上的相关说明。关于数据集的版本信息与更新记录，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD004002
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Identification of mouse proteins targeted by Salmonella secreted effectors by affinity purification followed by mass spectrometry.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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