空肠弯曲菌Cas9的CRISPR RNA依赖性结合与切割内源RNA

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE106849

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探究了食源性病原体空肠弯曲菌（Campylobacter jejuni）内源性Cas9的RNA靶点及切割位点。采用RIP-seq技术确定了空肠弯曲菌NCTC11168菌株中Cas9的直接RNA结合靶点。随后通过比较野生型（WT）与缺失株（cas9、crRNA3、tracrRNA、CRISPR-tracrRNA）的总转录组数据，预测了RNA靶点中的切割位点。利用PAM-SCANR平台富集了CjeCas9的PAM序列，该平台通过GFP报告基因发挥作用。在GFP（即功能性PAM）富集后，使用FACS分离发出荧光的细胞，并对制备的质粒DNA进行扩增和测序准备。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。