解锁拭子中的故事：一种新的两栖动物壶菌蛙壶菌基因分型检测方法数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.33st2

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数据集大小约 272.1 KB。

数据说明

新出现的对野生动物最具毁灭性的病原体之一是壶菌真菌——蛙壶菌（Batrachochytrium dendrobatidis，Bd），它影响着全球数百种两栖动物。来自纯Bd培养物的基因组数据增进了我们对Bd系统发育、基因组结构及毒力机制的理解。然而，纯培养物获取费力，全基因组测序相对昂贵，因此遗传特征被描述的分离株相对较少。故此，我们对自然系统中Bd遗传多样性的了解仍然有限。从自然种群中采样Bd最常用的非侵入性方法是擦拭两栖动物皮肤。全球范围内已从两栖动物中采集了数十万份拭子，但通过拭子收集的Bd DNA往往质量低和/或数量少。在本研究中，我们利用Fluidigm Access Array平台开发了一种定制的Bd基因分型检测方法，用于扩增Bd基因组中精心挑选的192个区域。我们获得了来自纯Bd培养物和野外采集皮肤拭子的可靠序列数据。

这种新检测方法能够准确区分主要的蛙壶菌（Bd）支系，重现了先前利用全基因组数据揭示的基本树形拓扑结构。此外，我们为拭子样本设定了初始Bd载量的关键值（150个Bd基因组当量），超过此值时，我们的检测方法表现良好。通过利用微流控多重PCR技术的进步以及全球分布的两栖动物拭子样本资源，非侵入性皮肤拭子现在可用于解答关于Bd及其对衰退两栖动物种群影响的关键时空问题。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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