RxRx细胞成像数据集系列

Name: RxRx细胞成像数据集系列
Creator: recursionpharma

RxRx系列包含多个细胞形态学成像数据集，涵盖细胞信号、免疫扰动、SARS-CoV-2感染及COVID-19细胞因子风暴等场景，用于生物医学图像分析。

recursionpharma

GitHub

2024-01-17 更新

医学影像细胞形态学医学影像

基本信息

模态

医学影像

创建/更新时间

2024-01-17

资源简介

RxRx系列包含多个细胞形态学成像数据集，涵盖细胞信号、免疫扰动、SARS-CoV-2感染及COVID-19细胞因子风暴等场景，数据模态为医学影像（细胞图像），主要用于生物医学图像分析、表型分类等任务，服务于基础生物学和疾病机制研究。

原始链接

https://github.com/recursionpharma/rxrx-datasets

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使用方式

数据集获取

git clone https://github.com/recursionpharma/rxrx-datasets.git

curl -L -o repo.zip https://github.com/recursionpharma/rxrx-datasets/archive/refs/heads/master.zip
unzip repo.zip

源站 README 摘录（使用方式）

RxRx Datasets

This serves as a master repository for information about datasets released
for public research by Recursion Pharmaceuticals.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别