抗菌药物敏感性耐药发现数据库

DRIAMS 是一个开创性的大规模多模态抗菌药物敏感性和耐药性数据集,对于应对复杂性尿路感染(cUTI)中日益严重的抗生素耐药问题具有极其重要的科研价值。该数据集包含了从数十万真实临床样本(其中绝大部分为引发尿路感染的病原菌尿液分离株)中提取的 MALDI-TOF 质谱数据以及匹配的药敏试验(AST)金标准结果。研究人员可以利用这些时序信号和表格标签,训练基于深度学习的快速药敏预测模型,从而在不经过漫长细菌培养过程的情况下,辅助医生为 cUTI 患者快速开具敏感抗生素,改善治疗结果。

University of BaselUniversity of Basel
Dryad
2022-01-11 更新
浏览 33
时序分类MALDI-TOFMALDI-TOF mass spectrometryMachine learningantimicrobial stewardshipphenotype prediction
DRIAMS (Discovery of Resistance in Antimicrobial Susceptibility)

基本信息

模态
时序
大小
35 GB
数据量
768000
任务类型
分类
许可
CC0 1.0
创建/更新时间
2022-01-11

资源简介

抗菌药物敏感性耐药发现数据库

【数据集背景】

本数据集源站标题为《DRIAMS: Database of Resistance Information on Antimicrobials and MALDI-TOF Mass Spectra》。

【数据内容】

源站原始描述:Early administration of effective antimicrobial treatments is critical for the outcome of infections and the prevention of treatment resistance. Antimicrobial resistance testing enables the selection of optimal antibiotic treatments, but current culture-based techniques can take up to 72 hours to generate results. We have developed a novel machine learning approach to predict antimicrobial resistance directly from MALDI-TOF mass spectra profiles of clinical samples. We trained calibrated classif…

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:doi:10.5061/dryad.bzkh1899q。

【主题与分类】

主题标签:MALDI-TOF、MALDI-TOF mass spectrometry、Machine learning、antimicrobial stewardship、phenotype prediction。

【适用方向】

时序数据适用于疾病进展预测、生理信号监测与事件发生的时序建模。

【获取与许可】

源站页面:https://doi.org/10.5061/dryad.bzkh1899q

使用许可:https://spdx.org/licenses/CC0-1.0.html。

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源站:https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.bzkh1899q

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 35.00 GB。

数据说明

包含了大量临床病原体的质谱数据与抗菌药物敏感性测试结果,其中尿液样本占比极大,是复杂性尿路感染耐药研究的重要资源。

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