抗IgLON5病单细胞BCR重轻链配对免疫组库
主题标签：免疫系统疾病、BCR免疫组库、单细胞V(D)J测序、重轻链配对、IgLON5自身抗体、自身免疫性脑炎、Immcantation
基本信息
资源简介
抗IgLON5病单细胞BCR重轻链配对免疫组库
该数据集为抗IgLON5病相关的单细胞BCR免疫组库数据，包含配对的抗体重链与轻链序列信息。数据来源于单细胞V(D)J测序实验，针对一名患者（供体D1）生成，属于免疫系统疾病领域的单细胞免疫组库资源。数据集提供了经Cell Ranger流程输出的V(D)J contig结果，以及经Immcantation框架处理后的免疫组库数据，并包含用于下游组库分析的重轻链配对BCR数据集。该资源以分析就绪文件为主，原始测序数据另行存放于欧洲核苷酸档案库。数据集由Foglierini, Mathilde提交至Zenodo，发布时间为2026年，采用知识共享署名4.0国际许可协议。
【数据集背景】
该数据集服务于一项关于自身免疫性脑炎中IgLON5自身抗体识别结构基础的研究。相关研究由Roux, A.、Schelling, R.、Vinyals-Sales, D.等人完成，发表于Nature Communications（2026年），DOI为10.1038/s41467-026-77812-6。数据集聚焦于抗IgLON5病这一免疫系统疾病背景下的B细胞受体免疫组库特征，通过单细胞V(D)J测序技术获取患者来源的BCR序列信息，旨在为理解自身抗体产生机制及免疫组库分析提供数据支撑。
【数据内容】
数据集包含三类主要内容：其一为Cell Ranger流程生成的V(D)J contig输出文件，按实验批次组织，可见Exp1与Exp2等目录结构，其中Exp1下包含NS1与SI1等子目录；其二为经Immcantation框架处理后的免疫组库数据；其三为配对的抗体重链与轻链BCR数据集，用于下游组库分析。整体数据结构以分析就绪文件为主，便于直接用于免疫组库相关计算分析。原始测序数据未包含在本数据集中，而是另行存放于欧洲核苷酸档案库。
【采集与来源】
数据来自单细胞V(D)J测序实验，样本来源于一名患者（供体D1）。实验产生的原始测序数据已存放于欧洲核苷酸档案库，本数据集提供的是经Cell Ranger与Immcantation处理后的衍生数据。数据集作者为Foglierini, Mathilde，提交至Zenodo平台，发布时间为2026年。来源站为doi.org。
【适用场景】
该数据集适用于免疫系统疾病特别是抗IgLON5病相关的BCR免疫组库分析，可用于研究自身免疫性脑炎中B细胞受体序列特征、重轻链配对关系以及组库多样性等。由于包含配对的heavy–light chain BCR数据，也适合用于抗体序列的配对分析、克隆型鉴定及下游免疫组库比较研究。此外，经Immcantation框架处理的数据可直接用于免疫组库的标准化分析流程。
【使用方法】
使用者可基于Cell Ranger输出的V(D)J contig文件进行序列比对与注释，或直接使用Immcantation处理后的免疫组库数据进行下游分析。配对的重轻链BCR数据集可用于抗体克隆关系推断、系统发育分析及组库特征统计。由于原始测序数据需从欧洲核苷酸档案库另行获取，若需从头处理原始数据，应结合该档案库中的原始数据进行完整流程复现。具体分析流程与参数设置源站未提供。
【质量与限制】
数据集提供经Cell Ranger与Immcantation处理的分析就绪文件，但原始测序数据未包含在内，需另行从欧洲核苷酸档案库获取。数据仅来源于一名患者（供体D1），样本量有限，可能限制结论的普适性。关于数据的具体质量指标、测序深度、细胞数量及克隆多样性等参数，源站未提供。此外，数据仅针对抗IgLON5病相关背景，不适用于其他疾病或健康对照的直接比较。
【引用与许可】
使用该数据集时，应引用相关研究：Roux, A., Schelling, R., Vinyals-Sales, D. et al. Structural basis of IgLON5 autoantibody recognition in autoimmune encephalitis. Nat Commun (2026). https://doi.org/10.1038/s41467-026-77812-6。数据集采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可协议，允许在署名前提下共享与改编。数据集作者为Foglierini, Mathilde，机构为Zenodo，发布时间为2026年。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.18925480
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 47.2 MB。
数据说明
---------------------------------数据集摘要 本数据集包含来自一名患者（供体D1）的单细胞V(D)J测序实验所获得的B细胞受体（BCR）库数据，用于研究：Roux, A., Schelling, R., Vinyals-Sales, D. et al. Structural basis of IgLON5 autoantibody recognition in autoimmune encephalitis. Nat Commun (2026). https://doi.org/10.1038/s41467-026-77812-6 该数据集包括使用Cell Ranger流程生成的V(D)J重叠群输出、使用Immcantation框架处理后的库，以及用于下游库分析的重链-轻链配对BCR数据集。该存储库提供处理后的数据及可供分析的文件。原始测序数据可另行在欧洲核苷酸档案库中获取。 ---------------------------------数据集结构 dataset/│├── cellranger_vdj_output/│ ├── Exp1/│ │ ├── NS1/│ │ └── SI1/│ ││ ├── Exp2/│ │ ├── NS2/│ │ └── SI2/│ ││ └── D1_concat/│└── files_for_repertoire_analysis/ ├── D1/ ├── H1/ └── H2/ cellranger_vdj_output包含由Cell Ranger V(D)J流程生成的V(D)J重叠群输出。
files_for_repertoire_analysis 包含用于下游分析的处理后BCR库数据集。---------------------------------数据处理流程 使用Cell Ranger V(D)J流程处理单细胞V(D)J测序数据，以组装重叠群并生成V(D)J注释。对于供体D1，将四个样本的V(D)J重叠群拼接在一起（四个生物学重复：一个IgLON5特异性-SI2-和三个非特异性）。随后，使用Immcantation框架内的Change-O工具包处理BCR库。使用脚本mergeHeavyLightForScRep.Rmd重建配对的重链和轻链序列。此处理为每个供体生成两个文件：-airr_afterchangeo.csv – 经过Change-O处理后的AIRR格式库数据集-BCR_paired.csv – 包含配对重链和轻链BCR序列表格 ---------------------------------向下
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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